嘉靖三十二年中进士，授
无锡县知县。时倭寇正从我国东南沿海大举入侵内地，
无锡告警。他到任后的第三天，就召集地方耆老士绅，商议抗倭与修筑城墙。自嘉靖三十三年二月初九日至四月二十日，用了70天时间，将原来无锡土城垣改建成一座长18里、高2丈1尺的砖石城墙。接着又向民间募兵，将招募来的兵卒编成窑兵、脚兵、弩兵、僧兵、柴兵、子弟兵、义勇兵、园兵，进行训练。
王其勤在任期间，地方赋税制度混乱，豪强兼并土地，农民负担沉重。嘉靖三十三年在取得无锡豪绅
华察的支持下，他会同前来江南督粮的山东
布政使参议翁大立、监察御史孙慎等对全县土地重新丈量，以便厘亩清粮。查出漏税的无粮田16万亩，责令补交，免去无田粮7000余石，减轻了农民的负担。
嘉靖三十六年调升南京户部主事。临行之日，当地民众夹道相送。王其勤卒后，无锡民众在南门（今塘经桥附近）建造了松滋王公祠。祠内塑其像，尊为“南水仙”。每年三月初七日，民间举行隆重祀典。
明朝时，我国沿海一带经常遭到倭寇的侵扰。
嘉靖三十三年（公元1554年）二月，倭寇从南沙(今江苏常熟西北)突然入侵，四月，包围了无锡城。
无锡县的知府叫王其勤，在当地颇有政绩，深受百姓的爱戴。当倭寇入侵的消息传来之后，王其勤整日坐卧不安，小小的无锡土城怎么禁得起强悍的
倭寇一击呢？一日，王其勤闷闷不乐，登城散心，发现城外的山上有人在采石搬石，他猛然想到，如果把土城改筑成石头城，不就可以挡住倭寇的进攻了吗?
整个无锡城都动员了起来，民工们不分昼夜地搬运石头、木料加固城墙。经过近两个月的施工，眼看一座新城就要建成。这时，有些民工实在受不了了，哀求负责监工的王克宝（王其勤的长子），希望能够休息一下再干。王克宝整日同民工在一起，深知他们的疾苦，从心里同情他们，便同意了他们的要求。
倭寇逼近无锡的消息一天紧似一天，为了克期竣工，王其勤每天都要亲自巡视全城。这天，他来到城上，发现筑城的民工都在鼾睡。顿时
火冒三丈，怒气冲冲地问：“谁允许他们睡觉的?”守城的士兵回答说：“启禀老爷，是大少爷让他们睡的。王其勤命人将
爱子捆起来，不由分辩，立即斩首示众。这件事，使筑城的民工和守城的将士都感到震慑，多日来的疲劳一下子跑得无影无踪。大家精神振奋，倍加努力，不几天，一座崭新的石头城筑成了。
城刚筑好，倭寇就将无锡城包围了。因为城池坚固，倭寇攻打了一个多月，也没有攻下来。倭寇一看没有什么便宜可占，便打算退兵。王其勤抓住战机，命守将张守经带兵出击，经过一场恶战，倭寇主将被杀，贼兵四散逃命，无锡之围遂解。