四十五年(1566)十月,其劾奏刑部尚书
黄光升徇情枉法,指出:内官季永拦皇帝乘轿报告事情,本不该以死罪论处,却拟以真正凶犯判决;奸人王相私自阉割良民三人,实应该判以死刑,却予以宽容轻判。朝廷宜勒令黄光升退休。明世宗阅奏大怒,命将王时举赶出长城之北,编为口外民户。
万历初,升任河南道都御史,上疏明神宗,请恢复
建文年号,大义侃侃,无所顾忌。时都给事中雒遵、御史景嵩和韩必显等疏论抗敌将军谭纶受害事被谪,王时举上疏抗章,申救甚力。由此升任大理寺左少卿,掌刑罚。其善于审理决断疑案冤狱,必无生存之理而后置之于法。
当时
贵州地方武备早已松弛,本地土匪横行
肆掠。王时举紧急发檄文给各道,督催所在游动小校秘密侦察匪情,并悬赏鼓励定期捕捉匪首,同时分别土司地界,界内有乱,酋长连坐。不久,群匪尽息。
陈皇后无子,未居住在坤宁宫,而居别宫。王时举觉得不合朝廷礼制,便在万里外上疏皇帝,“请正位中宫,以端治本”。隆庆帝听纳,请陈皇后还住坤宁宫。帝正在到处购买收集各种珠宝,以玩赏、崇饰和聚敛,给事中石星奏言劝止,在殿堂内当场被杖打而
贬谪远地。闻讯,立刻上疏,深刻指出奢靡之害,肯定石星做法,责驿站飞驰报京。既而连奏献屯田、盐政,更易贵阳城池等策,无不切中时势关键。