清同治元年（1862）为优贡生，同治六年中举人。后2次应试不第，遂一意讲学论著，说；“吾无意作官，恐得一令，更累我也”，以发明学术、表彰先贤、启迪后进为终生之志。历任书院山长有：黄岩九峰、清献和文达，处州莲城，温州中山、东山、肄经，太平宗文，临海正学，江西南昌经训。王棻博学通经，崇尚宋明理学，赞颂民族气节，常以抗清志士吕留良等人事迹教育学生。提倡读书应明理义，不是为做官。以“左交许郑右程朱①，要使滨海变邹鲁”作为教育宗旨，台州近代学者
喻长霖、王舟瑶、章梫、朱谦、管世骏、黄方庆等均出于门下。光绪八年（1882），江西乡试，一半以上中举出自王棻执掌的书院。
王棻深感黄岩藏书不足，多方搜集经史典籍，发掘乡邦文献。同治七年赴考时，在京师借得失传的明抄本《杜清献集》，日夜抄录，并撰《杜清献年谱》作附集一起付梓。向“玉海楼”②借台州古籍，刻印宋车若水《脚气集》、明方孝孺《逊志斋集》。王棻执掌九峰书院先后十余年，注重文化事迹，将江西学政赠银3000两，购《
古今图书集成》等庋藏名山阁藏书楼，还收藏历代大型类书《太平御览》、《册府元龟》、《渊鉴类函》、《古逸丛书》、《武英殿丛书》等，计各类书籍3万余卷。
著有《经说偶存》、《六书古训》、《史记补正》、《汉书补正》、《重订历代帝王年表》、《明年表》、《大统平议》、《大礼平议》、《明大礼驳议》、《中外和战议》、《台献疑年录》、《柔桥文钞》等。自光绪七年开始编纂《台学统》，至晚年成书100卷，辑录台州晋代至清代名人337人。《柔桥文钞》总结一生的学术思想，颇受清末以来学者赞誉。
王棻编纂的方志有：
黄岩县志及黄岩集，青田、永嘉县志，仙居县志及仙居集，太平续志、杭州府志（稿）、赤城志校注、方城遗献续编。常与戴鳌峰、朱桂卿等商讨方志理论和编纂方法。既继承洪亮吉③纂辑派观点，又吸收章学诚④著述派理论，自成一套较完整的理论，为清代后期方志理论集大成者之一，丰富和发展方志学术思想。王棻所编的志书，历来备受推崇，梁启超称为清代方志佳构。
光绪二十四年，由浙江学政徐致祥荐举，清廷赏内阁中书衔。二十五年卒，终年72岁。王棻一生著书734卷，台州近代首推第一。除县志及《柔桥文钞》等少数著作刊行外，其他无资付梓，束稿高阁。民国4年（1915），喻长霖在沪求助吴兴刘承干出资刊印《台学统》。王棻著作部分被临海、黄岩博物馆收藏，部分在“文革”时被毁。