王毓雅在日本留学期间担任过日本朝日电视台、好镜头国际广告公司制片及纬来电视网编导、Channel 外景导演等职务。1999年1月，成立果昱影像制作公司；同年，执导个人首部电影《蛋》，并先后参加了台北金马观摩展和夏威夷国际影展，自此开始踏上导演之路。
2001年，执导由
林心如、
黄维德、
吴辰君联合主演的爱情电影《海水正蓝》；同年，执导由吴辰君、
黄少祺合作主演的爱情电影《
双面情人》。2003年，执导的动作喜剧电影《
中国功夫少女组》上映，该片由
陈坤、
林依晨、
袁咏仪联袂主演。
2004年，自编自导自演爱情电影《飞跃情海》，该片获得第18届日本福冈亚洲电影节评审团大奖；同年，执导的爱情电影《
浮生若梦》在中国台湾地区上映；同年，执导由吴辰君、
萧淑慎、
杨谨华联合主演的动作电影《
终极西门》。
2005年，执导由吴辰君、
黄瑜娴、
林佑威联合主演的惊悚悬疑电影《
虎姑婆》。2006年，执导由林心如、
唐宸禹、
陈冠霖联袂主演的爱情电影《
江湖龙女》。2008年，与田广树合作执导爱情剧《木兰花》，该剧由
萧蔷、吴辰君、萧淑慎等联袂主演。2013年，执导由
钱柏渝、
卢学睿联合主演的惊悚电影《
追魂7杀》；8月23日，执导的歌舞电影《舞力四射》在中国台湾上映。
2016年5月21日，由其执导的犯罪电影《
错乱的一代》在日本公映，该片由
柳乐优弥主演。2017年5月，自编自导由
黄恺杰、
王奕瑾、
范逸臣联合主演的青春爱情电影《
以爱为名》在中国大陆上映；9月，执导的剧情电影《
浅爱》上映，该片由王奕瑾、朱永菁合作主演；同年，还执导了系列剧情电影《刺激人生：逆风》、《刺激人生：乘风》。
王毓雅在坚持创作台湾本土特色商业电影的同时，以自身风格化的影像语言特质和其中蕴含独特的女性视角及自我价值剖析，展现了当下台湾电影人对于当代女性命运、女性意识觉醒以及觉醒之后痛苦迷茫的自省与反思，彰显了导演独树一帜的创作风格和叙事模式，有效实现了女性意识与商业元素的融合与突破。她不遗余力地在影像世界中挖掘、搭建、灌溉自己的心灵花园，并使其绽放出纷繁多样、独具魅力的女性意识之花。她善于运用平实质朴的影像语言、独具匠心的人物设置和巧妙的情节设计、激烈的矛盾冲突来表现深刻的思想内涵，揭示人物的性格命运（《当代电影》评）。