1932年抵达
上海后加入
中国共产党，以上海美专训育主任的身份从事党的地下工作。1938年离开上海返回
湖南，在八路军驻湘通讯处工作，王自申被任命为八路军总司令部秘书，在徐特立身边工作。
驻湘通讯处根据
抗日战争的需要和中国共产党号召进步青年去延安的指示，在长沙设立了抗大、陕北公学招生委员会。王自申先是担任报名接待，后负责分期分批培训学员。经过一年多的努力，输送去延安的青年达五六百人。随后他以徐特立秘书的身份，回湘潭进行统一战线工作。
1940年春，王自申去了重庆，先后担任
重庆《
新华日报》社总务科长、管理委员会办公室秘书、教委办公室秘书、编委秘书等职。他亲自动手写稿、审稿、编排，常常通宵达旦的工作。他还自告奋勇组织并担任了夜校教学工作，自编教材，理论联系实际地抓紧对青年人进行业务培训。
1942年7月，受组织派遣，王自申到重庆办事处招待所任学委会主任，专门接待全国各地长期从事党的地下工作的同志们来重庆学习。1944年6月，离开重庆到
陕西延安，进入中共中央党校学习，参加了延安整风。1945年8月，从中央党校毕业并留校工作。
解放战争时期，中央重视对各种干部的培养，创办了各种学校，王自申接受了办学的重任，1946年被委任为
北方大学文教学院院长。1948年
石家庄解放，创办华北财经学院，王自申调任副院长。
1948年到1951年任
中原大学教育学院院长，1951年8月16日，中南军政委员会教育部决定，中原大学教育学院与私立华中大学合并。同年9月26日，改名为公立华中大学，成立华中大学改制委员会，中原大学教育学院院长王自申任副主任委员。1953年10月，华中师范学院成立，王自申任党委书记。由于长期忘我工作，积劳成疾，1954年2月25日，他与世长辞，享年56岁。
在两年多任期中主要做了三件事，院、系调整以及各方人员的重新整合工作；学校走上专业化道路，艰苦建校，为适应学校规模的迅速扩大，动员全院师生参与桂子山新校区建设工作（包括植树、修路等，工程量都很大）。