最早是邠宁节度使
朱玫的部将,提为
列校。唐僖宗光启二年(886年),朱玫拥立
李煴为帝,改元建贞,令他带兵五万追击外逃凤翔(治今陕西凤县东北)的唐僖宗。同年十二月,王行瑜倒戈攻杀朱玫、李昌符,纵兵大掠,时值寒冬,冻死的百姓横尸蔽地。僖宗命行瑜为邠宁节度使。
乾宁二年(895年),侍中兼中书令王行瑜擅权,要求担任
尚书令,
韦昭度密奏:“太宗以尚书令执政,遂登大位,自是不以授人臣。惟
郭子仪以大功拜尚书令,终身避让。王行瑜安可轻议!”于是皇帝任
李溪为相。王行瑜大恨,联合李茂贞及镇国节度使
韩建攻入长安,杀韦昭度、李溪,并谋唐废昭宗,另立
李保为帝。李克用率军南下勤王。十一月,
李罕之克龙泉镇。王行瑜逃往梨园寨(今淳化县城),再逃回邠州,向李克用请降,被拒,遂弃城逃往庆阳,为其部下所杀。传首京师。