玛格丽特出生于1350年4月13日，她是佛兰德斯伯爵路易二世与布拉班特的玛格丽特的女儿。1356年，玛格丽特与勃艮第公爵
菲利普一世结婚，他是勃艮第的菲利普与奥弗涅女伯爵让娜一世（法国国王
让二世的第二任妻子）的儿子。在菲利普一世早逝后，1369年6月19日，玛格丽特与勃艮第公爵
菲利普二世结婚，菲利普二世是法国国王
让二世与第一任妻子、卢森堡的
博内的儿子。两人婚后育有子女，其中包括勃艮第公爵
无畏的约翰、巴伐利亚公爵夫人玛格丽特、奥地利公爵夫人卡特琳、布拉班特公爵安托万、萨伏依公爵夫人
玛丽、尼维尔伯爵菲利普二世。1405年3月16日，玛格丽特去世，享年54岁。