清
乾隆四十七年（1782）出版的《
西域图志》称“额彬格逊淖尔”，清
嘉庆年间（19世纪初）出版的《
西域水道记》称“阿雅尔淖尔”，此名沿用至1951年出版的地图。1953年版《中华人民共和国分省新图》改称帖勒里湖，帖勒里一名系《西域水道记》对艾兰湖的称呼（原文称“特里淖尔”），系玛纳斯湖西南的小湖。直至1962年出版的《
中华人民共和国分省地图集》才改称玛纳斯湖。玛纳斯湖为湖群中最大湖，形似鞋底，呈东北—西南向，长50公里，宽10～15公里，面积约550平方公里，湖面海拔257米，湖水补给原有玛纳斯、金沟、宁家等河，更早还有
呼图壁河；有时还接纳
准噶尔西部山地南部河流的洪水。
20世纪50年代以来由于
玛纳斯河中游大规模开垦，河水引入灌区，湖水已逐渐干缩，湖区绝大部分已结晶成盐。仅西南角偶有洪水入湖。艾兰湖位于玛纳斯湖西南，早已干涸，地表有盐结晶。据19世纪末外国考察者记载，当时艾兰湖有水，湖东岸曾有长约70公里的霍尔河（蒙古语意为咽喉河），1940年已干涸。
艾里克湖在玛纳斯湖西北10公里，补给来自白杨河，由
乌尔禾盆地穿过峡口而入；湖盆三面环山，西南开敞，东面受
单面山阻隔，从地形与构造看，与玛纳斯湖似无联系。玛纳斯湖之东还有达巴松淖尔，为早已干涸之
盐湖，已作盐场利用。
1964年地质工作者在湖盆北部乌尔禾一带采集到
准噶尔翼龙（大型能飞行的爬行动物，生活于湖面，采食鱼虾）、
克拉玛依恐龙、乌尔禾剑龙、鱼鳖等
生物化石，这类生物生存于早白垩纪；根据岩石及动物群分析，当时湖盆周围为淡水湖泊。根据湖盆附近沉积物及
阶地分布，第四纪时湖盆范围仍很大，第四纪初曾为乌伦古河尾闾。第四纪晚期以来，湖盆逐渐缩小，在沙丘间遗有许多盐湖。《
西域图志》及《
西域水道记》均推断阿雅尔湖与
艾比湖过去可能联成一体，已为湖盆附近沉积物及阶地分布所证实。
20世纪50年代末以来，由于玛纳斯两岸土地被开垦为耕地，发展灌溉农业 ，自
玛纳斯河中游修建大量截水引水工程以后，除发生特大洪水有水流入湖区外，河水断流不再流入玛纳斯湖，20世纪70年代初完全干涸。
从上世纪80年代起，
石河子玛纳斯河流域管理处
夹河子水库逐年有计划地向下游玛纳斯湖注水，玛纳斯湖生态环境逐年提到了恢复。