环保酵素是指以动物、植物和食用菌等为原料，经微生物发酵制得的含有特定
生物活性成分的用于环境治理、环境保护的等酵素产品。（该定义出自现行行业标准《酵素产品分类导则》，此处所指的酵素并非是酶的“酵素”。）
酵素按产品应用领域分为食用酵素、环保酵素、日化酵素、饲用酵素和农用酵素。
在2006年，来自泰国的一位名叫Rosukon的研究人员利用食物废物特殊的理化性质和丰富的营养成分开发了一种使用废弃蔬菜，水果或其果皮，糖和水等有机固体废物发酵的溶液形式产品，并将其命名为环保酵素，通称为“垃圾酵素”。
根据《酵素产品分类导则》（该导则为现行行业标准），环保酵素是指以动物、植物和食用菌等为原料，经
微生物发酵制得的含有特定
生物活性成分（生物活性成分：来自生物体内的对生命现象有影响的微量或少量物质。注：包括
多糖类、寡糖类、
蛋白质及多肽、氨基酸类、
维生素类等）的用于环境治理，环境保护等酵素产品。
注：酵素（Enzyme），一词源于日本，即常说的“酶”。解放前我国的教科书上也是称酶为“酵素”的，现在我国台湾地区仍称作“酵素”。然而现在市场广受青睐的被称作“酵素”的保健食品却不是那种称之为酶的“酵素”。据日本学者山内慎一所著《保健食品袖珍典》（保健食品ミニバブル）记述，“酵素”在日本的原名“植物酵素エキス”，翻译成中文是“植物之酶的提取物”或“植物酶提取之精华”的意思，是用各类植物作原料，用乳酸菌或酵母菌发酵所制成的发酵食品。
含有大量有机物、矿物盐、有机酸等，以及大量的厌氧及
兼性厌氧菌。
有研究以
菠萝皮为原料制作环保酵素，测得成品pH在3.4左右，有酸性气味，在发酵初期有大量气体产生且伴有酒香味。
由于特定环境的理化特征由该环境中优势微生物的代谢活动决定，因此，环保酵素的理化性质和活性成分与其优势微生物的代谢活动有关。分类
宏基因组学分析显示其（以菠萝皮为原料制作）优势菌群包括Acetobacter属、Leuconostoc属、Lactobacillus属细菌以及Hanseniaspora属、Kazachstania属真菌（酵母）。其中，Acetobacter属细菌存在于酿醋发酵物，以及菠萝、
甘蔗、咖啡树等植物中，可在有氧条件下把乙醇转化为醋酸，能氧化乳酸盐和醋酸盐生成CO2和水；Lactobacillus属细菌能够耐受有氧环境，可以发酵产生
乳酸或者
乙醇；Hanseniaspora属酵母多用于酿酒和制作面包；Kazachstania属中含有耐酸酵母，存在于发酵面团中。上述优势微生物的发酵产物（酸、乙醇、各种酶类）构成了环保酵素的主要成分，决定了环保酵素较高的酸度和较强的清洁活力。