中华人民共和国环境保护部国际合作司负责归口管理环境保护领域的国际合作与交流和统一对外联系，维护我国环境权益。研究提出国际环境合作中有关问题的建议，拟订有关政策、部门规章、制度，并监督执行。拟定环境保护国际合作与交流、履行国际环境公约等外事经费计划，并组织实施。负责国际环境公约履约的对外联系工作，组织国际环境公约的对外谈判。组织和协调政府间双边、多边等环境保护合作。

负责合作文件谈判和实施中的对外联系。

组织参加有关环境保护的国际会议和其他活动。

组织政府间环境合作计划、合作协议、备忘录等文件的谈判。

组织实施外国政府、国际组织等对华和我国对外环境合作援助项目。

负责部系统内人员因公出国（境）的审批。

负责国（境）外来华参加环境合作与交流人员的审核。

负责联系联合国和其他国际组织以及外国政府、国际组织驻华机构涉及环境合作的事务。

管理环境保护国际非政府组织的合作与交流，指导我驻外环境机构的工作。

负责在国内召开的环境保护国际会议的审批。

负责处理涉外的环境保护事务。

处理涉及港、澳、台的环境保护事务。承担核与辐射安全国际合作事务和负责联系国际原子能机构等国际核能组织。

根据上述职责，设6个内设机构。

1、综合处

承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；承担部外事管理工作；处理世界贸易组织环境与贸易等事务；处理涉及港、澳、台的环境保护事务。

2、国际组织和公约处（简称国际处）

承担与联合国环境署及联合国系统其他国际组织的联系与合作；承担部牵头的国际环境公约的对外谈判；组织参与其他国际公约、国际会议中涉及环境问题的谈判；指导我常驻联合国环境署代表处工作；承担与环境保护国际非政府组织的合作与交流管理工作。

3、亚洲处

组织与亚洲地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。

4、欧洲处

组织与欧洲、中亚地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。

5、美洲大洋洲处（西亚非洲处）（简称美大处）

组织与美洲、大洋洲、西亚、非洲地区国家和地区组织的环境合作与交流；承担本地区内双边、多边环境保护机制下的合作；拟订与本地区国家和地区机构的环境合作计划；承担相关环境合作协议、备忘录的谈判和签署；承担与本地区内非联合国系统国际组织的联系与环境合作。

6、核安全国际合作处（简称核国际处）

承担核与辐射安全领域的国际合作与交流；承担与国际原子能机构等国际核能组织的联系与合作；承担国际核与辐射安全公约的对外谈判；组织与相关国家和地区的双边、多边核与辐射安全合作与交流；承担相关核与辐射安全合作协议、备忘录的谈判和签署。