中国水产科学研究院珠江水产研究所成立于1953年，是国家按流域布局设置的渔业综合科研机构，隶属中华人民共和国农业农村部，前身为“广东省人民政府农林厅水产局水产研究所”。

1953年3月，广东省人民政府农林厅水产局水产研究所成立。

1955年6月，广东省水产局水产实验所成立。

1973年2月，广东省水产研究所淡水养殖研究室成立。

1979年1月，成立国家水产总局珠江水产研究所。

1982年10月，更名为中国水产科学研究院珠江水产研究所。

2016年，广东省海洋与渔业厅在珠江所加挂“广东省淡水渔业研究所”牌子。

根据2020年4月研究所官网显示，中国水产科学研究院珠江水产研究所有事业编制260人，有在编职工185人，其中，专业技术人员154人，研究员23人，副研究员35人，获批水科院优秀科技创新团队1个，水科院中青年拔尖人才3人，水科院百名科技英才培育计划人选12人，“赣鄱英才555工程”人选1人。拥有农业农村部中央直接掌握联系高级专家1人，享受政府特殊津贴专家13人，农业农村部有突出贡献中青年专家1人，多人获新中国成立60周年渔业三农模范人物、全国“五一劳动奖章”以及广东省“五一劳动奖章”、“三八红旗手”、首届巾帼科技创新带头人等荣誉称号。

水科院中青年拔尖人才：王广军、朱华平、李宁求

水科院百名科技英才培育计划人选：牟希东、李胜杰、王超、邓玉婷、赵建、朱华平、王庆、顾党恩、龚望宝、郁二蒙、李宁求

水科院创新团队：龟鳖遗传育种创新团队、珠江渔业资源调查与评估创新团队、外来物种与生态安全创新团队、鳜鲈基因组学与选择技术创新团队、鳢和草鱼遗传育种创新团队、水产疫苗创制与免疫防控创新团队、淡水池塘养殖生态环境调控创新团队

根据2020年4月研究所官网显示，中国水产科学研究院珠江水产研究所设有9个所属研究部门。此外，还参与了部分产业技术创新联盟，同时还下设3个实验基地。

国家级科学观测实验站：国家渔业资源环境广州观测实验站

省部级科学观测实验站：农业农村部珠江中下游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部珠江流域渔业生态环境监测中心

省部级重点实验室：农业农村部休闲渔业重点实验室、农业农村部渔用药物创制重点实验室、农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室、广东省水产免疫技术重点实验室

省部级测试中心：农业农村部水产种质监督检验测试中心（广州）

省部级工程技术研究中心：广东省水产疫苗工程技术研究中心、广东省水产良种工程技术研究中心、广东省现代休闲渔业工程技术研究中心、广东省水产养殖污染修复生态工程技术研究中心

所属科研部门：水产种质资源与遗传育种研究室、水产养殖与营养研究室、水产病害与免疫研究室（水生实验动物研究室）、渔业资源生态研究室、渔业环境保护研究室、观赏渔业研究室和水产品质量安全与标准研究室、珠江流域渔业生态保护研究中心

2019年11月15日，由中国水产科学研究院珠江水产研究所、农业农村部水产资源利用与养殖重点实验室、农业农村部休闲渔业重点实验室主办的中国-东盟渔业绿色发展学术论坛在广州举行。论坛以“加强科研创新与合作促进渔业绿色发展”为主题，聚焦渔业绿色发展主题，重点就科技促进渔业绿色发展进行学术研讨。

2017年，中国水产科学研究院珠江水产研究所获奖2项，获得专利36项，登记软件著作权2项。2020年，研究所获批省科技创新发展战略专项资金（省基础与应用基础研究基金自然科学基金）项目计划8项立项。

2018年5月20日，珠江水产研究所被授予广东放生协会“突出贡献奖”。8月，依托珠江水产研究所建立的科普基地“珠江淡水渔业展览中心”被认定为广东省青少年科技教育基地。

2022年1月30日，入选2021-2025年全国科普教育基地第一批拟认定公示名单。

2022年3月30日，被中国科协命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。

2019年7月，中国水产科学研究院珠江水产研究所与天津农学院签署了“关于联合培养研究生和共建教学实习基地的协议书”。

博士后科研工作站：珠江水产研究所博士后科研工作站

根据2020年4月研究所官网显示，中国水产科学研究院珠江水产研究所有博、硕导师36人。

中国水产科学研究院珠江水产研究所形象标识为英文字母“ZJ”（意为“珠江”）的变形，由“ZJ”变形为两条抽象的鱼，寓意着研究所的属性；下方是研究所全称及英文名。

水科精神：创新、致远、精业、兴渔