琶洲港澳客运口岸坐落于广州市海珠区琶洲阅江中路499号，为广州中心城区连接香港的唯一客运口岸，提供广州登船、香港登机的“海天联运”服务，旅客在口岸出发大厅可“一站式”完成预办值机和行李托运手续，通过海关、边检后即可乘船直达香港国际机场，真正实现“登船即登机”的一站式出行服务，极大便利了群众跨境出行。

琶洲港澳客运口岸项目2020年5月26日动工，12月，完成码头主体工程；2021年5月底，陆上工程完工。

2023年4月14日上午10时50分，从香港尖沙咀出发、搭载着入境旅客的“海珠湖”号客轮缓缓靠泊琶洲港澳客运口岸码头，标志着广州中心城区唯一的水上跨境口岸进入试运营阶段，也填补了广州中心城区到港澳水上高速客运航线的空白。4月28日起，琶洲港澳口岸往返香港国际机场航线试运营，旅客从琶洲口岸出发，可直达香港国际机场（海天码头）。5月4日，“海珠湖”号客轮缓缓驶离琶洲港澳客运口岸，启航前往香港中港城，标志着广州中心城区唯一的水上国门正式开港。5月23日9时08分，琶洲港澳客运口岸出境边防检查大厅快捷通道迎来首位旅客，从放置证件到完成手续离开闸机，该名旅客仅用了不到10秒时间，方便快捷的通关体验获得了出境旅客点赞，这也标志着该口岸快捷通道的正式启用。8月12日，琶洲港澳客运码头出入境边防检查快捷通道信息采集备案点正式启用。12月28日起，开通“琶洲至珠海海岛”航线，往返于“黄埔军校-海心沙”的航线也于同日顺利开通。

2024年1月28日10:00，临时包船“金珠湖”号缓缓驶出琶洲港澳客运码头，这是该码头首个大型旅游团包船航班。

2024年4月19日，从洲头嘴出入境边防检查站获悉，为充分发挥过境免签政策效能，更好服务促进粤港澳大湾区人员跨境便捷高效流动，即日起，琶洲港澳客运口岸被纳入广东省144小时过境免签政策的出境口岸。

2024年6月19日，记者从琶洲港澳客运码头获悉，日前琶洲港澳客运码头发布公告停止运营“琶洲-南沙-珠海桂山岛”航线。

截至2024年7月18日，琶洲港澳客运口岸合作航空公司数量增至66家。截至2024年9月，广州琶洲港澳口岸已累计接待旅客超过18万人次，如今单月旅客数量已经突破2万人次，外籍旅客的数量占比40%。

2024年9月22日，洲头嘴边检站移民管理警察在琶洲港澳客运口岸顺利为一名持港澳居民来往内地通行证（非中国籍）旅客办理了快捷通道备案。这是首个在广州地区口岸申请快捷通道备案的持港澳居民来往内地通行证（非中国籍）旅客。自2023年8月开展备案工作以来，洲头嘴边检站已为2600余名中外旅客采集快捷通关信息.

试运营期间，琶洲口岸往返香港国际机场的航线每天均有一个班次。其中，琶洲开航时间为9时45分，预计12时05分到达香港国际机场（海天码头）；香港国际机场（海天码头）开航时间为14时，预计16时20分抵达琶洲。

“琶洲往返香港市区”航班从2024年11月5日起暂停，后续视市场需求考虑恢复。

周边商务服务配套完善，步行可达香格里拉酒店、威斯汀酒店、保利世贸中心、南丰汇等。

2023年9月29日，琶洲港澳客运口岸出入境客流达1124人次，创口岸开通以来日客流量新高。

截至2023年10月25日，琶洲客运口岸累计运送出入境旅客量突破5.4万人次。

截止2024年2月24日元宵节，琶洲港澳客运口岸累计客运量突破10万人次。

2024年4月14日，琶洲港澳客运口岸运行一周年，进出境旅客超11.7万人次。

截至2024年4月18日琶洲港澳客运口岸共运营航班3221个，运载旅客120264人次。

2024年7月1日至8月17日，经琶洲港澳客运口岸出入境人员超3万人次，同比增长66%。

琶洲港澳客运码头是粤港澳大湾区标志性直连交通设施之一，也是广州中心城区连接香港的唯一客运码头。码头分两期建设，首期开通琶洲港澳客运码头往返香港中港城码头和香港国际机场(海天码头)两条航线，投入“海珠湖”“海珠湾”碳纤维高速客船运营，全程约两小时，将进一步缩短粤港澳大湾区中心城市通达时间，助推大湾区加快构建现代化的综合交通运输体系。

受热带低压影响，珠江口风力逐渐增强。琶洲港澳客运口岸5月31日当日12时之后的往返航班全部停航，已购票旅客可联系口岸办理退票或改签手续。