甘肃中医药大学藏医学院在1979年属于甘南州卫生学校开设的藏医士专业。于1989年，甘南州人民政府和甘肃中医学院联合在甘南卫校设藏医系，开办藏医大专教育，首次招收了28名藏医专业（三年制）大专学生，成为继西藏之后的全国第二所藏医学高等学府。2001年藏医系扩大升格为藏医学院，藏医专业由原来的三年制大专升格为五年制本科，2006年藏医学专业获得硕士学位授予权，2007年藏医学本科专业通过国家教育部本科工作水平评估。 2013年经过甘肃中医药大学申报国家教育部批准藏医学院又增设了四年制藏药本科专业，并于同年招生首届藏药学专业学生40名。2017年藏药学专业获得硕士学位授予权，2018年藏医学、藏药学专业再次通过教育部本科教学工作审核评估。2013年9月，藏医学院开始招收藏医学专业硕士研究生，开启了藏医学院学历教育的新篇章。甘肃中医药大学藏医学院与甘南州卫生学校、甘肃中医药大学继续教育与职业教育学院教学点、甘南州第八国家职业技能鉴定所三块牌子，人员编制为甘南州卫校的一套人马，有县级领导职数5名，实际配备5名；内设科室13个，核定科级干部职数24名，实有22名。
学院专业特色明显，教学科研实力较强。多年来，在
甘肃中医学院党委的正确领导下，在全院各有关部门的大力支持下，在全体教职工的共同努力下，我院教学、科研及管理工作得到了长足的发展。藏医系与藏医学院已为社会培养、输送藏医专本科人才624人，他们分布在我省及四川、青海等周边藏区，全省所有藏医院中藏医学院毕业生占到95%以上，管理者也均为我院藏医学院的毕业生，为民族地区医药卫生事业的发展发挥着重要作用。
藏医学院位于甘南州合作市，占地73.9亩，总建筑面积15893平方米，现有固定资产1420余万元；有在职职工48人，专任教师47人，其中高级讲师13人，讲师20人，甘肃中医学院兼职副教授11名、兼职讲师17名、兼职实验师2名，另外聘请客座教授9人。专任教师中藏医药专业人员18名，学历均在本科以上。具有教授、副教授职称的教师占27%。35岁以下人员占29%，35-55岁之间占69%，55岁以上占2%。毕业于本校的教师共12名，占25%，来源于外院的教师共36名，占75%。专业教师队伍结构基本合理，高学历、高职称教师都在教学第一线任教，符合主讲教师岗位资格的教师占专任教师的70%。教学计划内的课程开出率为100%，高职称教师承担重要的专业基础和专业必修课程21%以上的教学工作。参加岗位培训合格的教师100%，满足本科课程教学与毕业论文指导的需要；内设办公室、教务科、总务科、学生科（招生与就业指导办公室）、医学教育研究室（教学督导与评估办公室）、
信息管理中心等6个职能科室和藏医临床、藏医基础、藏药、西医临床、西医基础、公共等6个学科组；藏书17.8万余册，订阅各类报刊320种；配备藏药标本、藏药炮制、解剖、药化、外妇、内儿、中心、基护、病理、口腔等10个实验室及2个计算机室、1个电子阅览室、5个多媒体教室、2个阅览室、1个语音教室和1个图书馆，开通了国际互联。
藏医学院共开设5个专业，其中普通高等专业有藏医学本科、藏药学专科、藏医学专科（藏西医临床方向）等3个；成人高等专业有藏医学专科及专升本2个。藏医学专业具有学士及硕士学位授予权。 有教学班8个，在校学生324人（不含培训班人数），其中本科192人，占在校学生的59.3%；专科132人，占在校学生的40.7% ，本科每年计划招生50人。 由我院教师主编和参编的中等医学统编教材6种，出版藏医学专科自编教材17种，编写完成“面向21世纪藏医学本科教材”3种，承担编译“面向新世纪课程系列教材”3种，与青海医学院联合编写藏药本科教材7种，出版专著5部，近五年来，在国家级、省级刊物发表教研论文200余篇。
藏医学院师资力量完备，教学设备齐全，承担着本院及甘南卫校各专业、各层次共计40多个班级各科课程的教学任务与临床实践指导任务。学院藏医高等教育坚持“立足甘肃，面向社会，服务藏区，甘肃一流，培养具有较高学历的应用型藏医药人才”的办学定位， 继续教育坚持“以提高我省及周边藏区基层卫生专业技术人员执业能力和学历层次”的办学定位，坚持德育为首，以教育教学为中心，以队伍建设为重点，以科学管理为保证，突出特色，提高办学层次和质量，扩大办学规模，加大基础设施建设力度。经过18年的建设与发展，我院已初步形成了以藏医药普通
高等医学教育为基础，藏医学成人高等教育为补充，藏医、藏药并重，藏西医结合、普教、成教、培训协同发展的办学格局。全院现有全国、全省名藏医各1人，全国优秀教师1人，担任全国和甘肃省藏医学学会和医学会、预防医学会的重要负责人的教师5人 。
多年来我院本着加强学科建设、提高学术水平、积极推动教学改革和建设、努力提高人才培养质量的宗旨，进一步强化教师的主导作用，突出学生的主体地位，围绕学生的人性需求，关注学生的个性发展、多元化发展，发奋图强，励精图治，努力提高教学质量和办学效益，力争把藏医学院建设成为全国藏医药高等院校中有一定知名度和影响力的学院。