甘肃省动物疫病预防控制中心前身为成立于1951年的甘肃省兽疫防治队，1952年更名为甘肃省畜牧兽医工作队，1964年更名为甘肃省畜牧兽医总站，下设兽疫防治队和家畜改良队，1977年分出省草原工作队和省畜牧研究所， 1984年分出省动物检疫总站后更名为甘肃省兽医技术推广总站，

2007年更名为甘肃省动物疫病预防控制中心（2000年加挂甘肃省动物防疫总站牌子）。1991年甘肃省人民政府以（甘罚证字第0-0119号）颁发了“甘肃省行政处罚实施机构资格证”，具有行政处罚职能。中心内设办公室、业务科、诊断室、动物疫病防制科、动物重大疫病防制科、寄生虫病防治科、疫情测报科、防疫监督科8个科室。现有职工75人,专业技术人员62人，其中博士1人、硕士13人、在职攻读博士、硕士学位研究生10人，拥有农业技术推广研究员5人，高级兽医师27人，中心技术力量雄厚，硬件设施先进，拥有荧光PCR仪、核酸提取仪、全自动细菌鉴定系统、气/质联用仪、研究型显微镜、高效液相色谱仪等仪器设备360台（套）。

依据《中华人民共和国动物防疫法》、《中华人民共和国农业法》、《重大动物疫情应急条例》、《病原微生物实验室生物安全管理条例》等法律法规，承担的主要职能有：

（1）；

（2）督导全省动物疫病预防、控制、诊断、监测、疫情报告和重大动物疫病扑灭工作；

（3）承担全省基层兽医工作者的培训；

（4）负责甘肃省境内兽医实验室的生物安全技术指导；

（5）对全省动物防疫用生物制品实施监督管理；

（6）督查全省动物疫病防控、诊断、监测、疫情报告等；

（7）负责完成全省动物疫病强制免疫工作；

（8）对违犯动物防疫法律法规相关条款的行为进行处置。

党委书记、主任：韩登武

2021年5月，获甘肃省脱贫攻坚先进集体荣誉称号。