甘肃省卫生健康委员会，作为甘肃省人民政府组成部门，加挂省中医药管理局牌子。保留省老龄工作委员会，日常工作由省卫生健康委员会承担。
内设机构
办公室
负责机关日常运转。承担信息、保密、机要、档案、信访、政务公开、文稿起草、督查督办等工作。
人事处部门
承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、职称评审、干部教育培训、干部和人才队伍建设等工作。拟订全省卫生健康人才发展规划。
规划发展与信息处（审计与督导处）
承担健康甘肃建设协调推进工作，负责拟订全省卫生健康事业中长期发展规划，统筹规划全省卫生健康资源配置与服务体系建设，承担卫生健康信息化建设和统计工作，承担《烟草控制框架公约》牵头履约工作。拟订并组织实施内部审计与督导工作制度，组织年度业务工作目标责任考核、重大事项督查督办工作。
财务处部门
承担机关和预算单位预决算、财务和资产管理等工作，拟订内部财务管理制度。
卫生法制和监督处（政策研究室）
组织起草卫生健康地方性法规和省政府规章草案，承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政诉讼和法律解释等工作。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，依法查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。拟订监督工作规范，完善综合监督体系，指导规范执法行为，督办重大违法案件。统筹推进行政审批制度改革，协调办理行政审批事项，负责政务服务窗口管理和服务工作。研究卫生健康工作中的重大问题，提出政策建议，负责起草重要会议文件、政策研究报告等工作。
体制改革处（省深化医药卫生体制改革领导小组办公室）
承担全省深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出全省深化医药卫生体制改革重大政策、措施的建议。承担组织推进公立医院综合改革工作，协调推进建立现代医院管理制度。对各级公立医院综合改革进行考核和评估。
疾病预防控制处
拟订重大疾病、慢性非传染性疾病等防治规划，实施国家免疫规划。指导全省疾病预防控制体系建设。承担法定传染病疫情信息报告与发布工作。
医政医管处
拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准并监督实施，承担推进护理、康复事业发展工作。指导全省医疗机构评审评价，拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。
基层卫生健康处
负责拟订全省基层卫生健康政策、标准和规范并组织实施，指导推进全省基层卫生服务体系建设和乡村医生管理等工作。
卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）
承担全省突发公共卫生事件应急处置和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。指导卫生应急体系和能力建设，指导卫生行业安全生产工作，承担重大活动卫生保障任务。发布突发公共卫生事件应急处置信息。
科技教育处
拟订全省卫生健康科技教育发展规划及相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监督工作。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，协同指导医学院校教育。指导科研项目管理、新技术应用、科研基地建设。指导行业学术团体管理工作。
药物政策与基本药物制度处
组织实施国家基本药物制度，提出医疗服务和基本药物价格政策建议，开展药品使用检测、临床综合评价和短缺药品监测预警。
食品安全标准与监测评估处
负责拟订食品安全、食品营养健康地方标准，开展食品安全风险监测、评估和交流。负责拟订本省国民营养规划、计划，指导本省食品营养工作。
老龄健康处
组织拟订并协调落实应对老龄化的政策建议。落实医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担省老龄工作委员会的具体工作。
妇幼健康处
拟订妇幼卫生健康政策、地方标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设及业务工作，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
职业健康处
拟订职业卫生、放射卫生相关政策、标准并组织实施。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。
人口监测与家庭发展处
承担人口监测预警工作并研究提出促进人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策和计划生育特殊家庭扶助制度并组织实施。
宣传处
拟订卫生健康宣传教育规划，指导全省卫生健康系统宣传网络体系建设。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，指导行业精神文明建设，承担卫生健康科学普及、新闻发布和先进典型的宣传报道工作。
对外交流合作处
组织指导全省卫生健康工作领域的国际交流与合作、对外宣传、援外工作，开展与港澳台地区的交流与合作，承担机关和直属单位外事管理工作。
健康扶贫处
拟订艰苦边远和少数民族地区医疗卫生事业发展规划和倾斜照顾政策，促进医疗卫生事业均衡发展。研究制定健康帮扶政策措施，保障贫困人口享受基本医疗卫生服务，提升贫困地区医疗服务能力和医疗保障水平。
健康权益处
拟订维护公众健康权益、卫生健康纠纷处理相关政策措施。指导基层依法调解处理卫生健康服务纠纷，引导公众维护合法健康权益。维护老年人合法权益，协助做好老年人维权和优待工作。负责办理群众来信来访等工作。
中医药一处
负责中医药事业发展，包括中医医政、科研、教育及人才培养、中医药信息化建设，中医机构、人员准入、广告审核等。制定并实施全省中医药事业中长期发展规划、人才发展规划和全省中医药防治重大疾病规划。组织实施基层中医药工作，指导其他医疗卫生健康机构中医药工作，规范中医医疗服务秩序。组织开展中医药师承教育、毕业后教育、继续教育及名中医评选等相关人才培训工作。
中医药二处
协助推进中医药产业发展、中医药文化建设、养生保健及旅游产品开发。制定及组织实施中医药医养结合政策，组织开展全省中药资源普查，促进中药资源保护、开发和合理利用，参与制定全省中医药产业发展规划、产业政策和中医药的扶持政策。协助推进中医药服务贸易、交流合作和中医药相关产业建设，协调组织中医药产业博览会相关工作。
直属机关党委
负责本部门机关和直属单位党的建设和纪检工作，领导工会、共青团、妇联等群团组织工作。
老干处
负责离退休干部工作。
机构改革
根据《
甘肃省机构改革方案》，将原省卫生和计划生育委员会、省深化医药卫生体制改革领导小组办公室、省老龄工作委员会办公室的职责，以及省安全生产监督管理局的职业安全健康监督管理职责整合，组建省卫生健康委员会，作为省政府组成部门，加挂省中医药管理局牌子。保留省老龄工作委员会，其日常工作由省卫生健康委员会承担。
省卫生健康委员会的成立，标志着甘肃卫生健康事业发展迈入一个新的时代，体现了卫生健康工作理念从以治病为中心到以人民健康为中心的重大转变。新成立的省卫生健康委员会将以新时期卫生与健康工作方针为引领，牢固树立大卫生、大健康理念，以人民健康为中心，把预防摆在更加重要位置，紧盯健康扶贫、深化医改、疾病防控、健康养老、居民健康素养提升、中医药事业产业发展等重点领域，进一步完善卫生健康政策，为人民群众提供全方位全周期健康服务。
主要职能
（一）贯彻落实党和国家卫生健康法律法规和方针政策，拟订卫生健康、中医药事业发展地方性法规和省政府规章草案，统筹规划卫生健康资源配置，拟订区域卫生健康规划并组织实施。拟订并组织实施推进卫生健康基本公共服务均等化、普惠化、便捷化和公共资源向基层延伸等政策措施。
（二）协调推进深化全省医药卫生体制改革，研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议。加大公立医院综合改革力度，推进管办分离，落实现代医院管理制度，推动卫生健康公共服务提供主体多元化、提供方式多样化，提出医疗服务和药品价格政策的建议。
（三）制定并组织落实全省疾病预防控制规划、免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施。依据国家检疫传染病和监测传染病目录，制定全省卫生应急和紧急医疗救援预案、突发公共卫生事件监测和风险评估方案，负责卫生应急工作，组织和指导全省突发公共卫生事件的预防控制和医疗卫生救援，发布法定报告传染病疫情和突发公共卫生事件应急处置信息。
（四）组织拟订并协调落实应对人口老龄化政策措施，负责推进全省老年健康服务体系建设和医养结合工作。
（五）贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警，组织制定甘肃省药品增补目录。组织开展食品安全风险监测评估，负责国家食品安全标准的宣传贯彻和追踪评价，依法制定并公布食品安全地方标准。
（六）负责职责范围内的职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生等公共卫生的监测、调查、评估和监督，负责传染病防治监督，建立健全卫生健康综合监督体系。牵头《烟草控制框架公约》履约工作。
（七）制定全省医疗机构、医疗服务行业管理办法并监督实施，建立医疗服务评价和监督管理体系。会同有关部门贯彻执行国家卫生健康专业技术人员资格标准。制定并组织实施医疗机构服务规范、标准和卫生健康专业技术人员执业规则、服务规范。
（八）负责全省计划生育管理和服务工作，开展人口监测预警，研究提出人口与家庭发展相关政策建议，完善计划生育地方性政策。
（九）拟订并实施全省基层卫生、妇幼健康发展规划和政策措施，指导全省基层卫生、妇幼健康服务体系和全科医生队伍建设。拟订全省卫生健康科技发展规划，组织实施相关科研项目。推进卫生健康科技创新发展。
（十）负责卫生健康宣传教育、健康促进和信息化建设等工作，依法组织实施卫生健康统计调查。组织指导卫生行业国际交流合作与援外工作，开展与港澳台的交流与合作。
（十一）制定并组织实施全省中医药事业发展规划和地方技术标准。完善中医药发展政策措施，加强基层、医疗机构和公共卫生领域的中医药建设，加大中医药人才培养力度，协调推进中医药服务贸易和中医药相关产业建设。
（十二）负责省保健对象的医疗保健工作，承担全省重大会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（十三）负责公众健康权益保障工作，维护患者在就医过程中的基本权益和老年人合法权益。
（十四）指导甘肃省计划生育协会的业务工作。
（十五）完成省委、省政府和国家卫生健康委员会交办的其他任务。
现任领导
刘伯荣 党组成员、副主任（兼），省中医药管理局党组书记、局长
徐 强 党组成员、省纪委监委派驻省卫生健康委纪检监察组组长
甘晓洲 党组成员、副主任（兼），省疾病预防控制局党组书记、局长
（更新于2024年10月）
所获荣誉
2021年4月，甘肃省委、省政府决定，授予甘肃省卫生健康委医政医管处党支部“甘肃省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。
2021年5月，甘肃省卫生健康委员会基层卫生健康处获甘肃省脱贫攻坚先进集体荣誉称号。
2021年6月，甘肃省卫生健康委员会直属机关党委被授予“甘肃省先进基层党组织”称号。