甘肃省药品检验所成立于1957年，1969年与甘肃省卫生防疫站合并，1973年恢复独立建制。2003年由
甘肃省卫生厅整体划转到
甘肃省食品药品监督管理局，为局直属法人事业单位，是甘肃省食品药品监督管理行政执法的主要技术支撑单位，省内最高的药品检验技术仲裁机构。
1996年通过卫生部组织的药检所实验室认证；2004年通过
甘肃省质量技术监督局计量认证复认证，证书号为：（04）量认（甘）字（S0101）号；2006年3月，通过甘肃省科技厅实验动物管理委员会SPF级实验动物使用许可证认证验收，取得SPF级实验动物使用许可证，证书号：SYXK（甘）2006—0009；2006年9月通过
中国合格评定国家认可委员会（CNAS）专家组进行的实验室认可现场评审，同年12月，取得国家实验室认可资格，证书号为：CNASL2915；1987年起被评为兰州市城关区“精神文明单位”；2006年被评为省局系统“先进单位”。
承担辖区内药品的监督检验、注册检验、强制检验、复验和委托检验等工作；承担省局委托的辖区内药品地抽验计划的组织实施工作；承担国家和本辖区药品计划抽验的抽验和检验工作；提供辖区内药品质量公告所需的技术数据和质量分析报告；承担国家药品标准的起草、修订及药品注册试行标准转正的有关技术复核和检验工作；承担国家食品药品监督管理局和省食品药品监督管理局指定或规定的申请注册药品的技术资料审查、复核和检验工作，并提出复核意见；经过国家食品药品监督管理局授权，承担西北五省区生物制品的检验和批签发工作；承担全国中药材市场专项检查抽验；承担国家食品药品监督管理局或省食品药品监督管理局下达的药用辅料和药包材的标准复核和检验工作；协助省食品药品监督管理局对下一级药品检验所进行检验项目的资格认定等工作；承担我省药品检验机构业务技术工作的指导、检查和协调工作；开展药品质量标准、检验方法、标准物质与药品质量分析相关的研究工作及与药品安全性、有效性相关的研究工作；开展对辖区内药品生产、经营企业、医疗机构检验部门的业务指导和培训工作；负责收集、整理、综合上报和反馈辖区内药品质量信息；承担国家食品药品监督管理局和省食品药品监督管理局交办的其他工作。
现有职工111人，中层以上管理人员29人，各类专业技术人员81人(高职34人，中职20人，初职27人)，占职工总数的73%，其中药学技术专业人员70人。硕士生导师3人，国家药典委员会委员1人，省级学科带头人“333”人才工程第二层次2人，“555”创新人才工程第二层次3人，厅级学科带头1人，所级学科带头人7人。
内设办公室、业务技术管理科、财务科、质量保证科、后勤设备管理科五个管理科室和中药一室、中药二室、化学药品室、抗生素室、药理室、生物制品检定室、
药品包装材料检测室七个检验科室，下属甘肃省中药分析检测中心。2007年2月
甘肃省药品医疗器械安全监测与评价中心成立，挂靠在药检所，为一个机构两块牌子。
全所建筑面积4421平方米，实验室面积3301平方米，占总建筑面积的74%；固定资产1039万元，监督抽样车3辆，快检车2辆；万元以上仪器如
高效液相、
原子吸收分光光度仪、
红外光谱仪、可见紫外分光光度计、
气相色谱仪、
荧光分光光度计、
薄层扫描仪、
定氮仪、自动电泳仪等130多台件；
图书馆藏书4万余册；中药植物蜡叶标本16857余份，中药材标本740种计3728余瓶，
藏药材标本221种。具备了对国家药品标准、国家药典标准等全项检验的能力。
2000年以来先后获得甘肃省科技进步奖8项；市、厅级科技进步奖10项；15项成果通过
甘肃省科学技术厅鉴定；参与20多个新药药学及药效学研究；发表论文160多篇，专著4部；目前在研项目12项。
甘肃省药品检验所以“和谐严谨、学习创新、把关尽责”为药检精神，为药品行政监督提供有力的技术支撑，为公众用药安全有效把关尽责，为推动甘肃医药事业健康发展发挥积极的作用。