生态系统多样性（Ecosystem diversity）是指生物圈内生境、生物群落和生态系统的多样性以及生态系统内生境差异、生态过程变化的多样性。生态系统多样性主要涉及较大单元的生态系统，如：森林生态系统、草原生态系统、湖泊生态系统、湿地生态系统等。

生态系统多样性是指生物圈内生境、生物群落和生态系统的多样性以及生态系统内生境差异、生态过程变化的多样性。（《城乡绿地系统规划》，2017年）

生态系统的多样性主要是指地球上生态系统组成、功能的多样性以及各种生态过程的多样性，包括生境的多样性、生物群落和生态过程的多样化等多个方面。其中，生境的多样性是生态系统多样性形成的基础，生物群落的多样化可以反映生态系统类型的多样性。

综合大多数学者的分析结果，物种丰富度指数（S），Shannon-Wiener指数（H）、Simpson指数、对数级数分布参数a和群落均匀度指数，是应用较为广泛和值得推荐的几种生态系统多样性测度指标。当然，根据研究目的不同可以选择更具针对性的测度方法。此外，在许多情况下物种多度分布模型，比单一的多样性指数提供更好生态系统多样性信息是多样性测度中不容忽视的问题。

生态系统多样性是物种多样性的保证。任何生物都要生活在一定的环境中，离开了适宜的环境，生物很难适应。所以只有多种多样的生态系统，才能保证这些生态系统中多种多样的生物的生存，从这个意义上来说，保护生物多样性是重要的一点就是保护生态系统的多样性，生态系统多样性是物种多样性的保证。生物与生物间（同种或不同种）、生物与无机环境间的共同进化形成生物多样性（包括物种多样性、基因或遗传多样性和生态系统多样性）。生态系统多样性的研究具有十分重要的意义。一方面，生态系统类型多样，其组成、结构、分布和动态等特征极富变化；另一方面，生态系统多样性的研究又为其他水平的生物多样性的研究提供有用的资料，特别是作为生物的栖息地受到保护生物学工作者的高度重视。

对于林种的生态多样性，通过对1975年、1987年和1996年度区域森林景观的生态系统多样性指数的比较可以看出，除林种多样性指数略有降低外，其他如森林的龄组结构多样性指数、按林分优势树种划分的森林类型的多样性指数都呈稳定递增的趋势，总多样性也有所增加1987年与1975年相比，林种的种数是增加的，但因为各种类所占的面积比例非常不均匀，多样性指数反而降低。总的看来，由于加强了对森林的经营管理，使龄组结构和优势树种面积比例得到合理调整，因而促使总多样性增加。

生态系统持续性主要研究：人类干扰对生物群落组成的影响人为过度利用或灭绝关键种对生态系统结构和生态过程的影响；具有不同系统发育的生态系统对人类干扰的敏感程度及差异等。最终目的是更好地理解这些过程，保护受胁生态系统和恢复受害生态系统．使生态系统持续发展，生物多样性得以永续利用。

由于人类活动和自然灾害的干扰，世界上不少地区生态系统遭到严重破坏，植被消失，土壤蚀化，生态系统多样性严重受损。对恢复受害生态系统的生态学研究受到世界各国的普遍重视。有人认为该研究比保护受胁生态系统更具战略意义。该研究的主要内容包括生态系统退化性演替，植被的重建及其影响因素。其目的是寻求恢复正常演替和植被重建的人为可控因素，以便采取人工措施加速受害生态系统功能的恢复。且前普遍认为，评价生态系统的恢复效果，不能仅以少数几种被开发利用生物的恢复情况为依据，而应该评价生态系统整体功能的恢复程度，即从生态系统功能研究提出评价指标。