生物三域理论，是近代的
生物分类理论。
细菌域（Domain Bacteria）、
古菌域（Domain Archaea）和
真核域（Domain Eukarya），即为三域系统（Three-domain system）。
生物三域理论是由卡尔·沃斯（Carl Woese）在1977年提出的
生物分类，将
原核生物分成了两大类，起初称为
真细菌（Eubacteria）和
古细菌（Archaebacteria）。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两组生物和真核生物从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来，因此将三者各划为一类，作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。1990年，Carl Woese为了避免把
古细菌也看作是细菌的一类，又把三域这三域改称为
细菌(Bacteria)、古菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)。
然而，
RNA树有可能将进化太快的类群放错位置（比如
微孢子虫）。有人认为生物的根应该在真细菌之内，很多真细菌的类群在古细菌之前分支出来，很晚古细菌和真核生物才彼此分开。