生物信息学技术是对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学技术是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。生物信息学技术的发展，已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析，而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在
蛋白质组数据库中储存了有机体、组织或细胞所表达的全部蛋白质信息，通过用鼠标点击
双向凝胶电泳图谱上的蛋白质点就可获得。
由于可变剪辑及
RNA编辑的存在，许多基因可以表达出多种不同的蛋白质。因此，蛋白质组的复杂度要比基因组的复杂度高得多。如果某物种的基因组全序列已经破译，并不代表该物种的蛋白质组也已破译。 具体分析某个基因的蛋白质产物要综合基因组水平、转录水平和翻译水平的修饰及调控来确定。