生物刺激，是指—种基于改变生物降解中微生物的活性和强度而设计的，定期向污染土壤投加营养物质和碳源，以满足土壤降解菌的需要，提高土壤微生物的代谢活性，将污染物充分矿化成
二氧化碳和水的方法。由于土壤微生物降解污染物的潜力巨大，该方法在生物修复工程中应用较多。
土壤或水体中土生土长的微生物，在自然状态下环境介质中固着在生物填料上形成的微生物群体。土壤微生物可加以驯化、自然选择繁殖与利用。这类微生物包括细菌、真菌、藻类、原生动物和相应的分解污染物的酶体系。土壤微生物在物质循环和环境净化等方面具有重要的作用。