生物多态性是指地球上所有生物，从食物链系统、物种水平、群体水平、个体水平、组织和细胞水平、分子水平、基因水平等层次上体现出的形态(morphism)和状态(state)的多样性。生物多态性又称生物多样性 (life diversity)，包括生态系统多样性、物种多样性和遗传多样性。其中遗传多样性是生态系统多样性和物种多样性的基础和核心。

从分类学角度考虑，许多物种包含着丰富的亚种多型分化，即该物种具有多种地理或生态群体。例如西方蜜蜂Apismellifera 的原产地---非洲、欧洲、亚洲中部和西部的生态系统多样性丰富，经过长期繁衍进化，各地蜜蜂已形成了适应当地生态环境的特殊亚种或生态型。一定意义上讲，一个物种包含成千上万的个体，就具有一个独特的基因多样性。