生物形态学是研究动物、植物和微生物的整体及其各个组成部分的外形和结构的科学，是生物学的分支。解剖学一词与形态学意义相近，前者也研究生物的结构，但它通常包含着对生物的细微结构的研究，然而，实际上，这两个术语几乎同义。形态学常与研究功能的生理学相对而言，但功能与结构密切相关，两者不能绝然分开。
生物形态学研究的内容包括生物的解剖学、组织学、细胞学、胚胎学以及生物器官的同源性、同功性、对称性等。形态学也是
生物分类学的主要依据。形态学的知识对于其他生物学科，特别是医学、兽医学及植物病理学是相当重要的。形态学的研究手段主要有化学方法和显微技术。化学方法主要包括
放射自显影及组织化学法，这些方法能了解各种化学成分（如糖原、蛋白质、DNA、RNA和酶等）在生物组织中的位置。显微技术发展很快，先后出现的
光学显微镜、
相差显微镜、偏光显微镜、
荧光显微镜和
电子显微镜大大推动了生物形态学研究的发展。此外，一与之相适应的技术（如超薄切片、冰冻断裂。冰冻蚀刻等）也给形态学的研究带来了很大的方便，使得人们得以深入探索细胞细微结构的各个方面。随着显微镜及其它技术的发展，形态学研究的领域己由宏观一直伸展到大分子水平。