生物源除草剂以天然的化学骨架作为化学基础创制的新型除草剂。

一般由C、H、O组成，不含人工合成除草剂中像氯这样的重原子，易被土壤微生物分解，在农业生产环境中不易残留与积累，不污染环境。植物、微生物可产生多种有植物毒性的化合物，如微生物或微生物代谢产物除草剂、双丙胺磷等。目前生产实践上应用得较少。随着基因工程的发展，特别是有机合成与微生物学的紧密联系与渗透，将会开发出比化学合成途径耗费较少人力、能量与投资的新型生物源除草剂。