生理小种（race），同种病原物的不同群体在形态上没有什么差别，在生理生化特性、培养性状、致病性等方面存在差异。一般情况下，不同小种对同种作物不同品种（或不同种、属）之间的致病性不同。生理小种的概念在真菌、细菌、病毒、线虫等病原物中都适用，细节可以不同。有时细菌的生理小种称菌系（strain），病毒的称毒系或株系（strain）。

每一种病原物都具有特定的特性，不同病原物之间有共性也有差异，他们代表着细胞最原始的特性。病原物作为细胞个体生存，它们对生活环境：ph值，气温，光照，空气都有不同的要求，特定的环境生存着一些病原物。