甲基营养型酵母（methylotrophic yeast）为第二代酵母表达系统，具有表达水平高，产物活性好，培养成本低，易扩大为工业化生产等特点，近来得到越来越广泛的应用。甲基营养型酵母包括：毕赤酵母（Pichia）、假丝酵母（Candida）、多型汉逊酵母（Hansenula polymorpha）等。

为克服酿酒酵母的局限（工业规模生产外源蛋白的产量较低），1983年美国Wegner等人最先发展了以甲基营养型酵母为代表的第二代酵母表达系统。其中以巴斯德毕赤酵母（Pichia pastoris）为宿主的外源基因表达系统近年来发展最为迅速，应用也最为广泛。

巴斯德毕赤酵母是一种甲醇酵母，它可以在以甲醇为唯一碳源和能源的培养基中生长，这是因为其细胞的过氧化物酶体中含有甲醇代谢途径的必需酶，如醇氧化酶（alcoholoxidase，AOX）、二羟丙酮合成酶和过氧化氢酶等。巴斯德毕赤酵母是一种近年来广泛使用的基因表达系统，它具有表达率高、遗传稳定、产物可分泌、发酵工艺成熟等许多优点。