用放射性同位素标记待检测的片段（即探针DNA），然后与细胞提取物共温育，形成DNA-蛋白复合物，将该复合物加到非变性聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳。

电泳迁移率变动分析，又称凝胶阻滞实验，英文名electrophoretic mobility shift assay，简称EMSA。是体外利用电泳迁移率的变化来分析DNA与蛋白质相互作用的一种特殊的凝胶电泳技术。

通常用32P标记DNA分子，而不标记蛋白质。电泳结束后，用放射自显影技术显现具放射性标记的DNA条带位置。如果细胞蛋白提取物中不存在与同放射性标记的DNA探针结合的蛋白质，那么所有放射性标记都将出现在凝胶的底部；反之，将会形成DNA-蛋白质复合物，由于受到凝胶阻滞的缘故，放射性标记的DNA条带就会出现在凝胶的不同部位。