中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所成立于1949年，是中国疾病预防控制中心下属的独立法人机构，是中国国家级病毒性疾病的预防控制和医学病毒学研究机构。

1949年，其前身中央卫生研究院病毒系成立。

1964年，成立中国预防医学科学院病毒学研究所，原隶属于中国医学科学院。

1983年，病毒学研究所划归中国预防医学科学院。

2002年1月23日，病毒学研究所正式更名为中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所，简称病毒病所。

根据2020年8月官网显示，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所拥有院士4名，首席专家1名。

中国科学院院士（专职）：曾毅、高福

中国工程院院士（专职）：侯云德、洪涛

国家杰出青年科学基金获得者：阮力

国务院享受政府特殊津贴专家：曾毅、侯云德、洪涛、阮力

人事部国家有突出贡献的中青年科学家：曾毅、侯云德、洪涛、阮力

卫生部有突出贡献中青年专家：武桂珍

根据2020年8月官网显示，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所设有18个专业科室、2个专业管理科室、2个专业学术杂志编辑部和12个职能机构。病毒病所拥有5个世界卫生组织参比实验室，此外还拥有2个国家级科研中心。

世界卫生组织参比实验室：WHO流感参比和研究合作中心、WHO西太区麻疹风疹参比实验室、WHO西太区脊灰参比实验室、WHO西太区乙脑参比实验室、WHO西太区轮状病毒参比实验室

国家级科研中心：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所朊病毒检测中心、中国微生物菌毒种（医学病毒）保藏管理中心

所属专业科室：病毒性肝炎室、中心实验室、朊病毒病室、病毒性出血热室、病毒性脑炎室、狂犬病室、流行性感冒室、病毒性腹泻室、应急技术中心、肿瘤室、脊灰室、麻疹室、BSL-3实验室（生物安全研究中心）、病毒资源中心、院士实验室

根据2020年8月官网显示，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所获得国家科技成果奖45项、省部级奖100余项、专利授权和成果转化数百项，新药产品近50个，其中包括国家最高科学技术奖及国家科学技术进步奖特等奖。

根据2020年8月官网显示，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所曾获“国家科技计划执行优秀团队”、“埃博拉出血热疫情防控先进集体”、“埃博拉出血热疫情防控集体记大功”、“2016年中央国家机关先进基层党组织”、“2013-2014年度全国青年文明号”以及“五四红旗团支部”等荣誉称号。

2018年12月7日，被国家卫生健康委授予全国援外医疗工作先进集体称号。

2020年3月4日，获得“全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作先进集体”称号。

截至2017年3月，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所有1个北京市重点学科、2个一级学科博士授予点、2个一级学科硕士学位授予点、8个二级学科博士授予点、8个二级学科硕士学位授予点，以及1个全日制和非全日制专硕学位授予点，有2个博士后科研流动站。

北京市重点学科：病原生物学

学术学位授权一级学科硕士点：基础医学、公共卫生与预防医学

学术学位授权二级学科硕士点：基础医学包括免疫学、病原生物学和放射医学，公共卫生与预防医学包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学

学术学位授权一级学科博士点：基础医学、公共卫生与预防医学

学术学位授权二级学科博士点：基础医学包括免疫学、病原生物学和放射医学，公共卫生与预防医学包括流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学

专业学位授权硕士点：公共卫生专业硕士

博士后科研流动站：基础医学、公共卫生与预防医学

截至2017年3月，中国疾病预防控制中心有导师共273人，其中博士生导师76人（含院士5名，其中中科院院士2名、工程院院士3名），硕士生导师165人，专硕导师32人。共授予博士学位857人、硕士学位2338人（其中学术型硕士学位1684人、专硕学位654人）。在读研究生555人（博士生163人、硕士生296人、在职MPH硕士生96人），共招收博士后科研人员198人，在站博士后23人。

中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所统一使用中国疾病预防控制中心形象标识。

理念：一流的疾控依赖一流的科研，一流的科研促进一流的疾控