白石崖溶洞遗址位于甘肃省甘南藏族自治州夏河县，青藏高原的东北边缘。该遗址年代为中更新世晚期至晚更新世，是目前青藏高原已知最早的旧石器时代遗址之一。遗址出土了丹尼索瓦人类化石，以及大量动物化石、石器等遗存，为探索丹尼索瓦人在高海拔区域的生存与适应提供了重要材料。

1980年代，一位在此冥想的西藏僧侣发现了一块人类下颌骨化石，他将化石交给了第六世贡唐仓活佛贡唐仓·久美丹贝旺旭，后者则将其捐赠给了兰州大学。

2016年，陈发虎、张东菊等学者开始在该遗址进行考古调查。

2018年起，兰州大学旧石器环境考古团队负责人张东菊教授作为领队，兰州大学联合甘肃省文物考古研究所，对白石崖溶洞遗址进行了多次正式考古发掘。

白石崖溶洞位于甘肃省甘南藏族自治州夏河县甘加乡白石崖村西北方向400米处达里加山石崖上，地理坐标为北纬35°26′54.44″，东经102°34′13.31″，海拔3282米。该洞穴内部空间较大，由长达70余米的洞穴入口及高度差异较大的4个洞室组成，洞穴入口总体呈13°左右向上倾斜延伸。

针对人类下颌骨化石的铀系测年表明，该化石年代距今至少16万年。后续发掘过程中，研究团队进行了光释光测年与碳十四测年，为该遗址建立了19至3万年的年代框架。

2018年共发掘两个探方，T1和T2，均为1米×2米，共计4平方米。

T1探方位于洞穴入口第三平台，布方靠近北侧洞壁，总发掘深度约距地表1.5米。T1探方文化层仅限于地表以下0.4米内，出土记录三维坐标的石制品近100件、动物骨骼60余件。

T2探方位于洞穴入口第二平台，布方同样靠近北侧洞壁，总发掘深度为距地表1.6米。按土质土色、包含物等状况可将T2探方已发掘地层分为10层，每一层均有石制品和动物骨骼出土，第10层尤为丰富，但由于受客观原因限制，未发掘到底。T2探方出土记录三维坐标的石制品1300余件、动物骨骼500余件。

2019年，新发掘面积7平方米，T3位于T2西侧，T4位于洞穴入口深处铁门外（距洞口约60米），均为1米×2米，T5探方位于洞穴内较深的一个大洞室，1米×3米。除此之外，还对T2探方继续向深发掘。T3探方发掘深度距地表为2米，按土质土色、包含物等状况可将T3探方已发掘地层分为11层，第1〜10层均能与T2探方2018年发掘地层对应，第11层为新揭露地层。T2西部1米×1米从2018年发掘结束位置（地表以下1.65米，第10层）继续发掘，与T3同步，进入第11层停止发掘。T3和T2探方出土石制品8000余件（包括砾石）、动物骨骼2500余件。T4探方发掘深度为地表以下0.9米，按土质土色、包含物等状况将T4探方已发掘地层分为两层，每一层细分为多个亚层，该层出现一疑似火塘遗迹。T4探方出土石制品700余件，动物骨骼2100余件。T5探方最深发掘深度1.1米，主要为自然堆积，仅在上部出现1颗疑似现代人牙，没有其他文化遗存出土。为探究洞穴内部沉积状况，多次在洞穴深处进行探索考察和全洞扫描以了解洞穴的整体构造。

两次发掘共发现两个灰坑遗迹，T2H1和T3H3，分别位于T2和T3探方内，均为袋状灰坑，开口于表层下，深度超过1米，出土大量动物骨骼、石制品、炭屑、陶片等，从堆积和遗物判断为新石器晚期或历史时期遗迹。两次发掘发现的石制品均以打制石片为主，同时有石核、工具和断块，石片多未经修整，但有使用痕迹，较多石片具有砾石面，石料主要为角页岩、石英砂岩、片岩等，与洞穴前的河滩砾石材料一致。动物骨骼以较破碎的四肢骨为主，目前已鉴定出的动物种属有犀牛、野牛、野马/驴、鬣狗和野羊/羚羊。

2021年，兰州大学与甘肃省文物考古研究所继续对此前的探方（T2，T3和T4，共6平方米）进行发掘，最大发掘深度1.25米，新划分9个地层。T3和T4基本到达基岩，T2部分还未到达基岩。此次发掘获得石制品12441件，动物骨骼2228件。

最初的人类化石为一僧侣在洞中采集所得，属于人类右侧下颌骨。为对这件化石开展全面研究，陈发虎院士领衔的团队制定了该化石的综合研究方案，组建了一支国际化的专门研究队伍。化石的综合研究包括年代测定、体质人类学分析、古DNA分析、古蛋白质分析及其它指标等多项工作。年代学分析结果显示，该化石形成于距今至少16万年前，揭示青藏高原有较长的史前人类活动历史；体质人类学分析结果显示，该化石属于位置的中更新世古人类，而进一步的古蛋白质分析结果显示该化石属于丹人，结合其出土地，又称为“夏河丹尼索瓦人”，简称“夏河人”。这件下颌骨化石是除西伯利亚丹尼索瓦洞以外发现的首例丹人化石。

2020年，研究团队再次联合国内外多家研究机构在Science杂志发表了白石崖溶洞遗址的最新研究成果。通过年代学﹑考古学、沉积学和沉积物DNA分析，研究者重建了白石崖溶洞已发掘地层距今约19-3万年的古人类活动历史，并且在距今10万、6万以及晚至4.5万年的地层中成功提取到丹人线粒体DNA。

2024年，研究者在对发掘出土的动物化石进行筛选分析过程中，确定出土于第3层（形成于距今约4.8-3.2万年）的一件肋骨标本属于人类化石，通过古蛋白质组学分析进一步确认该化石属于丹尼索瓦人，为晚更新世晚期白石崖溶洞遗址的丹人活动提供了确凿的人类化石证据。

白石崖溶洞遗址保存有丰富的考古遗存，以大量的石制品和动物化石为主。

石制品属于石核-石片技术，类型包括石片、石核、工具等，多件石片有使用痕迹，石片和石核可见较多砾石面。进一步研究目前仍在进行当中。

研究者采用传统动物考古学和古蛋白质分析方法（ZooMS和鸟枪蛋白质组学）相结合，对出土的2500余件动物化石遗存进行了系统的种属鉴定、部位鉴定、骨骼表面痕迹等分析。鉴定出包括已灭绝物种、青藏高原特有物种以及现今古北界广泛存在的物种等在内的20余个脊椎动物类别，包括了岩羊、盘羊、野牦牛、马鹿、藏原羚、麝、野马、披毛犀等大中型食草动物，最后斑鬣狗、豹、鼬、石貂、狼、藏狐等食肉动物，雉鸡、金雕、鹑等鸟类动物，还有高原兔、鼠兔、沟牙鼯鼠、旱獭、田鼠、豪猪、甘肃鼢鼠等小型哺乳动物。

以上研究和发掘工作显示，白石崖溶洞遗址是青藏高原上难得的年代久远、文化遗存丰富的重要旧石器遗址。该遗址是青藏高原目前已知最早的遗址，将人类在青藏高原上的活动历史从距今4万年推早至距今16万年。该遗址也是阿尔泰山地区以外首次发现丹尼索瓦人化石的遗址，是东亚首个丹尼索瓦人遗址。白石崖溶洞遗址为丹尼索瓦人和青藏高原史前人类活动这两个国际热点科学问题提供了关键材料和信息，揭示出可能携带了适应高寒缺氧环境基因（EPAS1）的古老型智人——丹尼索瓦人，已先于现代智人来到青藏高原，且在第四纪最大冰期（倒数第二次冰期）时已成功生活在这一寒冷缺氧的高海拔区域，为进一步揭示现代藏族人群的EPAS1基因来源提供了新线索。

该遗址的发掘和随后研究工作，将为进一步揭示青藏高原丹尼索瓦人的时空分布、行为特征、文化内涵、体质特征、遗传特征等提供重要信息，为深入理解史前人类对高海拔环境的适应提供关键证据，也为神秘的丹尼索瓦人研究开启了更广阔的研究空间，为深入理解东亚直立人、古老型智人和现代智人演化及其相互关系提供了新的视角。关于东亚地区现代人起源的过程，西方学界有“非洲起源说”的理论，而白石崖溶洞丹尼索瓦人的发现，不仅填补了东亚地区直立人和现代人之间的空白，还对厘清东亚古人类演化历史和现代人起源问题有重要意义。

白石崖溶洞遗址保存了丰富的中更新世至晚更新世古人类活动遗存，如石器、动物骨骼等。研究者利用动物考古学与古蛋白质分析方法对出土的动物化石进行分析，首次揭示了青藏高原中更新世晚期至晚更新世晚期的脊椎动物群情况。这对探讨丹尼索瓦人在青藏高原的生计模式、适应策略提供了重要的基础材料。

2019年，入选科技部评选的2019年“中国科学十大进展”、Science杂志评选的“2019年度十大科学突破”、Science News杂志评选的2019年“世界十大科技新闻”、Archaeology杂志评选的“2019年度世界十大考古发现”等

2020年，入选国家文物局“考古文物”重大项目、中国地理学会评选的2020年“中国地理科学十大研究进展”/美国史密森研究院评选的2020年“人类起源研究十大新认知”名单等。

2023年4月25日，入选甘肃省第9批省级文物保护单位名单。