阿毛是一只长八米重二吨的鳄鱼的化名，鳄鱼乐园主光头刘（
石兆琪饰）因没钱给它买肉吃，把鳄鱼阿毛卖了。没想到买阿毛的是开鳄鱼餐厅的赵大嘴（
林雪饰）。餐厅师傅想杀死阿毛前，被打了麻醉剂的阿毛突然醒了过来，挣脱了绳索，跑了出去。
阿毛逃窜到茶园，与刚被男朋友（
蒲巴甲饰）甩掉的温燕（
大S饰）狭路相逢。饥肠辘辘的鳄鱼阿毛吞掉了温燕随身携带的皮包。皮包里没它要吃的肉，装的是温燕在意大利做了八年皮鞋攒下的十万欧元。这钱本是准备结婚用的，可她刚一归国就发现了男友出轨的证据。失神落魄的温燕去派出所报案，负责办案的是史上最不靠谱的警察——王不准（
郭涛饰）。而王不准的儿子王小星（
丁嘉力饰）竟然还是鳄鱼的密友。事态逐渐扩大，全镇进入紧急戒备状态，捕鳄成了头等大事。赵大嘴得知巨鳄肚里有百万现金，便私下组织了一支捕鳄小分队偷偷上山去追抓鳄鱼。
鳄鱼最后逃到杭州西湖，潜入水下，不愿上岸，给西湖带来巨大的安全隐患。最后，光头刘利用与鳄鱼多年的感情，将鳄鱼引上岸。在一块草坪上，鳄鱼慢慢的冷静下来。可这时，温燕与王小星从远处跑来不敢出声只是站着。但一心想为二哥报仇的小杰高举铡刀喊叫着跑来，惊吓到鳄鱼，不经意间光头刘被鳄鱼的尾巴甩开，撞到远处一景观石上，动弹不得。愤怒的王不准与鳄鱼展开搏斗，当鳄鱼向王不准猛扑过来时，被王不准一枪击中要害，倒地死了。可光头刘因伤势过重不幸牺牲，应正了他老婆给他的忠告。片尾在岸上发现一窝的鳄鱼蛋，为后续埋下伏笔。
电影《百万巨鳄》不仅视觉效果达到一定的水准，故事也讲得引人入胜。巨鳄威胁人类安全、吃人咬人追人等桥段紧张刺激，而且不时抛出笑料，
林雪、王劲松等配角于幽默段子中反映一些社会现实，张弛有度。（腾讯新闻评价）