影片的主人公石百合是日本开拓团留下的日本遗孤的第三代。1945年日本战败，石百合的姥姥带着7岁的女儿——石百合的妈妈逃难，被中国农民李德山救起，后来他们结合在一起。石百合在富锦县城长大，她性格开朗，和周围的孩子打成一片。她从母亲那里学会了小提琴，这让她在小伙伴中与众不同。百合的两位好朋友——建设和王虎子都喜欢这个中日混血女孩，他们在竞争中时常有些有意思的小故事。后来，百合和妈妈回到了日本，但她从没忘记东北富锦美丽的山峦、平原。2010年，母亲去世，百合捧着母亲的骨灰，再次走向了她中国家乡的黑土地……
电影《百合的故事》于2010年8月在黑龙江富锦市杀青，该戏由
中国儿童少年电影学会、
中国传媒大学影视艺术学院、北京海晏和清影视文化有限公司、富锦市国家湿地公园联合摄制。据了解，该片画面唯美、小演员们表演自然，已经确定为2011年日本东京国际儿童电影节的开幕式影片。 从《百合的故事》北京海晏和清影视文化有限公司处获悉，从前期筹备到这部电影的拍摄完成，前后只用了两个月的时间，但它讲述的却是一个有关友谊、和平、人性的深情故事。
据介绍，北京海晏和清影视文化有限公司自成立以来，一直秉承“将儿童电影进行到底”的思想，为中国儿童电影的发展注入了新的内容，为中国儿童电影事业的发展和扩大中国儿童电影在世界范围内的知名度做出了重大的贡献。
《百合的故事》是一部纯粹的女性视角的电影作品，也是海晏和清“教育励志三部曲”的最后一部（前两部为《
派饭》、《
新来的李老师》），制片人沈红说，《百合的故事》能够成为2011年日本东京国际儿童电影节的开幕式影片，编剧杨爱君、王国勋、导演曹静以及全体主创都为此付出了巨大的努力，相信这部诚意之作一定能打动观众。