元末农民起义时，韩林儿宋政权、徐寿辉天完政权、 陈友谅汉政权等亦设此机构。明代沿之。百户所一般隶属于千户所，长官称百户，秩正六品， 下辖二总旗、十小旗，兵额百十二人，分驻军事要冲和各县。又、洪开二年（公元—三六九年）曾设刻期百户所，选能疾行者二百人，专掌军事通讯等事，其庆官称百户。

百户所，官署名。

元枢密院及诸路万户府下屑的基层单位。百户所分为上下两等，上百户所置百户二员，蒙、汉各一员，秩从六品；下百户所置百户一员，秩从七品，均为世袭军职。