皖南医学院药学系是皖南医学院下属院系，成立于2005年9月，前身是临床药学分流专业，药学系参与了多项科研项目，包括国家863计划课题、安徽省教育厅自然科学基金、芜湖市重大科研项目。
皖南医学院药学系成立于2005年9月，前身是临床药学分流专业。她的成立，标志着学校由单一的医科院校向多学科、综合化方向迈出创新而坚实的一步。现改名为皖南医学院药学院。
现有药学、制药工程和药物制剂等三个本科专业，横跨医学、生物、药学三大学科门类。如今教职工44人，其中正高1人，副高5人；博士4人，硕士28人，硕士以上学历的人员占全系教职工的72.7%。在读专科生47人，本科生1209人，研究生3人。近年来，参加
国家863计划课题1项，
安徽省教育厅自然科学基金3项（其中一项为省级重大项目，一项为省级重点项目），芜湖市重大科研项目2项，横向科研课题2项等；在国内外期刊发表论文20余篇，被SCI、EI、ISTP收录5篇。
我系立足于本科教育，努力发展研究生教育，适量招收专科生。面向全国十余个省市招生。不仅有完善的教学体系和专业培养计划，同时拥有四室一中心，即：药分与药化教研室、药剂与临床药学教研室、制药工程教研室、药化植化研究室和药学系实验中心。拥有2510m的学生实验室和教学科研办公用房，并且高起点、高水平引进了包括红外光谱分析仪、
液相色谱仪、
气相色谱仪、精密旋光仪、
薄层色谱扫描仪、滴丸机等一批先进的实验仪器和实验设备以满足广大师生的教学与科研需要。
学系以培养高素质的高级药学科技人才为目的，主要专业课程包括：生药学、药物化学、天然药物化学、药物分析、药剂学、药理学、药事管理等。毕业后能在药品生产、检验、流通与使用、研究与开发等领域从事
药物制剂、药品检验、合理用药、药物设计等方面的高级科技人才。
对于学生的培养，我系始终贯彻“全面发展素质教育”的理念，在强调学习专业基础理论的同时，通过开放教师研究室、实验室，鼓励学生参与科研，培养综合应用能力。本着开门办学的原则，已与本省及周边省市的多家制药企业、药业公司及医院建立了稳固的实践教学基地，拓展了学生的实际应用能力，为培养高素质应用型药学人才奠定了良好的基础。