《盖亚再现》是《盖亚奥特曼》的剧场版之一，于2001年拍摄，本片剧情衔延了《盖亚奥特曼》TV版，主要讲述了TV版盖亚和阿古茹消灭佐格后，失去了光的我梦和藤宫分开了。我梦回到了大学继续念书，而藤宫却去了美国。但是根源的破灭招来体并没有完全被消灭。

在TV版的大结局里，盖亚和阿古茹联手用爆裂流线消灭了根源破灭天使佐格。之后，失去了光的我梦回到了城南大学继续念书，由于频频被别人认出自己是盖亚奥特曼而苦恼不已。一天，同伴借着观看他的奥特曼动作的名义将一个女孩介绍给了他。我梦虽然很无奈，但还是只能按照女孩的要求来做动作。但是我梦发现快要上课只能扔下女孩跑回了教室。

由于在教室上使用电脑与PAL对话而被老师以为是走神，正当场面气氛变得很尴尬的时候，Team Flacon的队长米田乘着Fighter来到了学校，接走了我梦。

米田队长解释说是石室指挥官紧急召集我梦去协助Team Marlin进行海洋调查。原来XIG之前探测到了在太平洋的8000米水下传来的神秘讯号，由于没法解读讯号，XIG才派出了Team Marlin进行调查，但是石室指挥官预料到事情不会那么简单，所以特意叫上了我梦协助调查。

另一方面，远在美国的藤宫博也却遭到了多国的通缉，原因是之前安静了好一会的地底怪兽突然间再次出现惊吓到了人类，多国的G.U..A.R.D部队力主消灭怪兽，但是藤宫执意保护怪兽不被消灭，因此被多国G.U.A.R.D部队视作是危险人物而对他进行通缉。

在日本KCB做节目的吉井玲子却坚信藤宫没有做错，极力为他辩护。看完新闻的藤宫走到窗口却以为看到了幻象，大量的破灭飞鱼巴依库赫横空飞过，藤宫感到非常不可思议，但是幻象很快消失了。

藤宫挣扎着走到了岸边，拿出了蓝宝镯，只是早已失去了光。这时，幻象再次出现，藤宫看到了自己在海水中，藤宫忽然感到很难受，再加上之前受的伤，因此松开了蓝宝镯，看着它掉落下去。

但是，他突然听到有人说阿古茹之光，已经消失了。藤宫转过身去发现是一个小女孩，还没来得及问太多，藤宫就因为受伤而晕倒了。另一方面，美国G.U.A.R.D部队搜寻藤宫家附近没找到他，而美国队员斯诺扎比刚想离去，就听到了后面有股奇怪的声音。

那斯诺扎比转过身去，发现蓝宝镯已经由光环着升了起来，而斯诺扎比拿到了蓝宝镯，相信藤宫就在这附近。

我梦和Team Marlin乘着探测潜艇Seiren号不断下沉，在海沟上方，横谷队长说要向XIG报告情况，因为继续下沉的话他们会与地面暂时失去联络，直到再次返回可联络范围内。在屏幕上，我梦又见到了许久不见的石室指挥官和敦子以及乔姬他们。

我梦说自己是打算继续量子实验的，但话还没说完就被石室指挥官给打断了，但石室指挥官的话语激起了他的斗志。

通话结束后，Seiren号开始前往海沟，而堤主任报告说还是没有找到藤宫，石室指挥官说怪兽频繁活动和海底讯号联系起来绝对不会那么简单，可能是新的危机。

在下沉过程中，我梦他们意外见到了一阵抓痕，疑似什么巨大生物制造的，但是大家并没有继续理会，然而很快，副手报告说外压下降，有什么巨大的力量在开始运动。横谷队长坚持使用火炮进行攻击，我梦试图阻止却没有效果。

但是，火炮还没有准备好，大批破灭飞鱼巴依库赫就冲了上来，触碰到了Seiren号，并且破坏到了APC活动控制器。眼见横谷队长匆忙赶去修理控制器，我梦想起了自己带着的PAL，接入到了Seiren号主电脑里，这才稳定了下来。Seiren号也继续下沉观察。

藤宫醒来了见到了那个小女孩，小女孩说人类是不会改正的，地球还是会遭遇灭亡的，但是藤宫坚持说他相信人类凭着自己的勇气，能保住地球。藤宫的话语触动到了小女孩，她用自己的力量治好了藤宫的伤势。而他们又回到了现实中。

这个时候，斯诺扎比带着几个队员突然出现，试图拘捕藤宫。但是，破灭飞鱼巴依库赫冲破了水面，覆盖了天空。地球，再次陷入了黑暗。小女孩看到这一幕，将自己的力量给予了蓝宝镯，阿古茹之光再次回来。而小女孩自己也消失了，但在消失前她对藤宫他们说要去保护地球。斯诺扎比将蓝宝镯还给了藤宫，随后离去。藤宫说纵使人类这么愚蠢，也绝对不会就此认输，光芒一定会再次降临，蓝宝镯感应到了他的决心，再次展开双翼。藤宫也变成了阿古茹飞上了天空开始与破灭飞鱼战斗。

在XIG内，石室指挥官和堤主任得知了危险真的来袭了，而阿古茹也出现了，便命令Team Lightning（队长梶尾，队员北田、大河原）出击。在空中，Team Lightning费了些力气才消灭了一个飞鱼怪，但是又一个飞鱼怪出现，并且快要攻击到了梶尾队长的战机，这个时候，阿古茹出现救了梶尾，而梶尾也默默说自己欠了他一个人情。

在海底，我梦他们通过PAL的引导发现了一个刚刚好适合Seiren号通过的洞穴，而通过那个洞穴，我梦他们发现了一些生活在海底的发光生物，而那个女孩其实就是这些发光小生物的化身。

但是当Seiren号继续前行时，我梦他们发现了异常，一股黑暗正在侵蚀这些发光生物的领地。而那股黑暗就是根源破灭海神伽库佐姆。横谷队长下令攻击，但没想到不但没伤到伽库佐姆，反倒激怒了它。伽库佐姆对Seiren号发动了攻击，而Seiren号因为躲避不及从而中了招。我梦他们都因为船体的激烈震动而昏迷过去。但是，伽库佐姆带着黑暗从海底消失，在东京湾上空出现，开始肆意攻击东京地区。

但是阿古茹很快赶到，与伽库佐姆展开搏斗。最初，阿古茹占尽上风，伽库佐姆被他打的节节败退。而就当阿古茹准备发动绝招时，一个飞鱼怪突然出现，缠住了阿古茹，使他无法发动技能，伽库佐姆见此，便开始了攻击。

阿古茹被他打的只能勉强反击。而吉井玲子在电视台劝说大家奥特曼并不是地球的救世主，而是人类生存下去的希望。众人被说服鼓励阿古茹站起来继续战斗。就在这个时候，堤主任和Team Seagull的队长神山驾驶Peace Carry赶到支援阿古茹，但是很快被伽库佐姆给击中，只能退出战场。而此时阿古茹的能量指示器也进入红灯闪烁状态。

我梦因为与藤宫的心灵感应感到藤宫有危险，他醒来了看到那些生物将自己的光给予了蓝宝锥，我梦也再次得到了盖亚之光，变身成为了盖亚。他用光线赶走了缠在阿古茹身上的破灭飞鱼，使得阿古茹的能量能够减慢消耗。与阿古茹一样，盖亚一开始也将伽库佐姆打的毫无还手之力。但是很快，伽库佐姆和破灭飞鱼巴依库赫融合了，成为了更强大的伽库佐姆。盖亚试图用光线消灭伽库佐姆，能量却全数被反弹回来。

接下来，盖亚和阿古茹陷入了彻底的苦战。不过，Team Lightning赶到了战线，全面支援盖亚和阿古茹，但是没有什么多大的效果。虽然，大家都在呼喊，让他们站起来继续战斗，但是两位奥特曼还是被打的毫无还手之力。眼见他们就要落败，在海底的生物再次闪耀起来，为他们补充满了力量。

这次，盖亚将力量提升到了SV型，伽库佐姆被他打的只能不断败退。最后，盖亚使出了光子流线。阿古茹见此，走上去和盖亚一起用光子方场消灭了伽库佐姆，天空又恢复了光明。

最后，我梦和藤宫进行了一个简单的对话，他们都相信地球绝对不会毁在人类手上，而两人也再次分开。同时，Team Marlin三名队员也得救了。

实际上，藤宫的扮演者高野八诚和吉井玲子的扮演者石田裕加里在戏中扮演了情侣，在生活中他们也将这段爱情进行到底。2006年，高野八诚在石田裕加里的生日上求婚成功，随后育有一女一子。在超8结尾，石田裕加里抱着的就是大女儿妃菜花，这也是当时高野八诚全家参与拍摄超8的一段佳话。

这部片子延续了TV版的基本思想，即是人类不能为了自己的生存而去危害其他种族。剧情上虽然时间少，但是内容相对丰富。另外，剧中除了作为主角的高山我梦和藤宫博也，其他人的表现也是相当重要，为这部只有46分钟的片子增色不少。