酵母菌芽殖（budding）时，在良好的营养和生长条件下生长迅速，几乎所有的细胞上都长出芽体，而芽体上还可以形成新的芽体，于是就形成簇状细胞团。如果长大的子细胞不与母细胞分离，且其间的横隔面积与细胞直径相当，则可以将这种竹节状的细胞串称作真菌丝（euhyphae）。

对应地，如果子细胞与母细胞之间只以狭小的面积相连，则可称这样的细胞串为假菌丝（pseudohyphae）。

真菌丝按其着生部位和功能不同分为三类：1.营养菌丝，伸入培养基中吸收营养物质的菌丝称为营养菌丝；2.气生菌丝，吸收营养后伸出培养基，延展到空气中的菌丝称为气生菌丝；3.生殖菌丝，气生菌丝中可产生孢子的菌丝即生殖菌丝。按菌丝有无横断又可分成：1.无隔菌丝，菌丝中无横隔分段，整条菌丝就是一个细胞，其中可含有多个细胞核；2.有隔菌丝，菌丝内形成隔膜，将菌丝分隔成若干节段，每一节段就是一个细胞，每个细胞内有一个或多个细胞核。大多数致病性真菌的菌丝为有隔菌丝。

菌丝有多种形态，如螺旋状、球拍状、结节状、鹿角状和梳状等。不同种类的真菌其菌丝形态各有差异，故菌丝形态有助于鉴别菌种。