局部的口腔粘膜、舌、咽部有白色膜状物质，拭去可见基底部为充血糜烂面，阴道粘膜亦可有同样表现，但瘙痒显著。系统性
念珠菌感染，包括肺部、胃肠道及败血症，临床可有高热、
咳嗽、中上腹痛或不适。
从临床致病情况看，真菌可分为浅部真菌和深部真菌两大类。浅部真菌只侵犯毛发、表皮和甲板。浅部真菌病在我国极为普遍，常见的有
头癣、
体癣、
股癣、
手足癣、
花斑癣和
甲癣。深部真菌主要侵犯内脏器官、骨骼及神经系统，也可侵犯皮肤、粘膜。深部真菌病较常见的有
孢子丝菌病、着色菌丝病、防线菌病及隐球菌病。
念珠菌属则对皮肤、粘膜、指（趾）甲和内脏均可侵犯。
血白细胞中度升高，粘膜白色膜状物涂片找到芽孢及菌丝。系统性
念珠菌感需有血、
胃镜活检、痰或
支气管灌洗液培养阳性才能诊断。
上述病变可单独存在，也可同时存在。不同病菌及其变态反应不同或同一病菌不同时期，其组织反应也不一样。
真菌在人体引起的病变没有特异性，诊断依据是病灶中找到病原菌。