石井港位于围头湾南端，属南安市，东与晋江东石隔港相望，并与东石白沙夹峙而形成大盈港、安海港的海门。该港距厦门27浬、金门6浬，至台湾鹿港航程仅18小时。港前海面平阔，流平无礁，北侧为沙滩带，南侧水深5—20米，到处有避风良坞。在木帆船的古代，一向为航海者乐于停泊。

石井港现有千吨级重力式结构码头1座，泊位长85．8米，码头前沿水深5米。港区内有仓库1座1200平方米，堆场4822平方米。配有装卸设备，自1990年10月建成投入使用以来，吞吐量逐年增加。

隋大业年间（605—618），隋炀帝谴使开发夷州（台湾），曾泊舟于此，并募舟代“”驾船渡过海峡以达台湾。

唐辟海上丝绸之路，石井港为古泉州港支港之一。

《南安县志》载：“石井乡系四十三都，朱韦斋(松)监税处。二石夹立海沙上，其下为盘石，泉出小窦，流而为盂，深不盈尺，掬尽辙盈，潮来没焉，潮去则淡。有石井宫，匾曰‘石井’，系宋进士吕大奎书。景定五年岁次甲子（1264）诏立。”石井古镇地名由此而得。现古地名牌仍立于刻有“海上视师”四字的巨石上。

南宋绍兴十四年（1144），在今石井下坊村建石井巡检司，管理船舶出入海事务。

明末，郑芝龙曾以石井港为据点，编结船队，多达千艘，作海外贸易。清初，郑成功屯兵金门、厦门两岛，编组东西洋船队，航行于日本、台湾、吕宋等地，石井港亦为其货物集散、船队停靠的主要港口之一。郑芝龙、郑成功父子相继在南安石井建立造船坊，营造军、商两用船，年造三五艘，修数十般。

石井港与金门航程仅14海里，而且风浪小，2002年开通了与金门货运通航，几年来，共运营了335航次，货运量43.3万吨，合计299.6万美元，已成为对金门货运通航运量最多、增长幅度最快的港口。经有关部门批准，2006年6月开放石井港与金门客运直航，不仅为台湾同胞进出大陆开通一座新的桥梁，也为台湾农产品进入大陆市场搭建了新的贸易平台。