石斋位于东山县的东门屿上，这里是明代大学士黄道周少年时读书的地方，据说黄道周自幼生活在石室中，人称为“石斋先生”。 洞上有“云山石室”四个苍劲有力的大字，是黄道周少年时所题。清巡抚潘思渠在此立有牌坊，横刻“黄石斋先生读书处”，背镌“仰止高山”。
沿东门屿南段的一条山间小径往上不远，在巨石与绿树之中，有一个石室。此石室由三四块巨石纵横互叠，形成两洞。大洞内宽约3米，深5米余，可容纳20多人。洞内有三块方形石块，可作为石凳。石室周围草木繁茂，阴凉宜人。在洞口右侧岩石上，镌刻着黄道周亲笔题写的 “云山石室”四个大字，字长160公分，宽50公分，每个字都苍劲有力，浑厚郁挺。据
《黄漳浦集》载，这里是东山先贤、明武英殿大学士黄道周少年时的读书处。洞外的石壁上镌刻着明朝巡抚路振飞题写的“磐涧”二字，喻黄道周就是隐居在此涧谷中潜心修学的。在石壁上还有一处“达观”题刻，指一切听其自然，随遇而安，保持一种平和的心态。想想当年，黄道周在云山石室这样简陋的地方修学悟理，没有一种平和豁达的心态是难以成就大事，难以造就一代贤人的。
在石室前立有一座石华表，南面横题“黄石斋先生读书处”，北面额书“高山仰止”，华表两侧刻有对联：“仰止高山已表儒林首出，溯游学海群推道岸先登。”这是清
乾隆16年（1751年），巡抚潘思榘巡游云山石室时题刻的，称黄道周是儒学的代表，是学者中达到最高境界的人，这是对黄道周的人品与学识的中肯而全面的评价。
站在华表前，四周绿树蓊蓊，如伞似盖，将云山石室护佑在绿荫之下，阵阵的清风吹来，带有淡淡的花香之气，沁人心脾。偶尔还会传来几声鸟叫声，悦耳动听。可以迎着初升的朝阳，晨起早读；可以沐浴和煦的月光，低首默诵；也可以枕着海涛，伴着海风，安然静寐。远山近水，绿树黄瓦，花香鸟鸣，日光月韵，简直是世外桃源，人间仙境。人们总说“人杰地灵”，云山石室虽
屿顶端有文峰塔，又名“东门屿石塔”，系明
嘉靖年间由巡海道
蔡潮主持建造。塔共7层，高32米，座围14米，是附近海域的航行标志。塔下海域盛产龙虾，现为东山关渔业养殖场。
云山石室上有“云山石室”四个苍劲有力的大字，是黄道周少年时所题。清巡抚潘思渠在此立有牌坊，横刻“黄石斋先生读书处”，背镌“仰止高山”。旁有对联：“仰止高山已表儒林首出，溯游学海群推道岸先登”。
鹰石洞在石室对面，因洞顶巨状如雄鹰，故名。此洞为黄道周卧室，上镌“石斋”二字，附近还镌有“
海滨邹鲁”四字。