石昆玉，亦作昆玉、昆玉、琨玉，字汝重，一字楚阳，明末湖北黄梅人。历任户部主事、郎中，饶州、苏州、绍兴知府，山东副使、福建参政、大同巡抚。昆玉为官有清誉，以清廉、刚正著称天下，江浙史志多载其吏事，其任苏州太守时更是名满天下。汤显祖《寄石楚阳苏州》中称：“初某公（李涞）以吴宪拜中丞治吴，而明公（石昆玉）亦以吴漕使守吴。南都人皆疑之，弟稍为不然。或二相（申时行、王锡爵）亦欲得高品抚牧其乡耳，公之品乃今无疑者矣。”后石昆玉遭李涞陷害，推官袁可立昭雪其冤。

万历庚辰进士，万历十八年（1590），石昆玉由户部郎中出任苏州府知府。“按治豪横，剖析狱讼，舆论翕服。”

万历十九年，发生一件苏州府推官袁可立为上司石太守喊冤的事。1591年，睢州（今河南睢县）人袁可立刚任苏州府推官不久，太守石昆玉以廉直著称，按治当地土豪劣绅而得罪应天巡抚（驻苏州）李涞，李涞寻端以他事反诬石太守有罪，系于狱。李涞与苏州籍宰辅申时行、王锡爵大宦交甚厚，百官皆不敢问。独推官袁可立不惧威，挺身站出来为石太守辩护，昭雪其冤。李涞羞愧理亏，怕皇上追究，于万历十九年九月自动辞职。

袁可立“以锄奸为己任”，百辩雪其冤。“四郡推公秉笔，公伸牍尽雪其冤。同列为缩项。 公曰：‘吾自任之！吾奈何以上台故诬贤太守？’谳成，对中丞诵之，其声琅琅。中丞愧甚，举屏自障。公读法声益厉，中丞遂自劾去。”李涞以万历十八年四月升右佥都御史巡抚应天，至十九年九月去官。历史记载是首辅申时行仅仅离职四天后，“应天巡抚李涞准回籍。”

李涞迫害石昆玉的由头是“擅动吴县库银”，案情直接惊动了九重之内的皇帝，令抚按彻查，查了一两个月，结果是子虚乌有，于是公论汹汹。南道御史李用中公开上章指斥申时行和李涞相互串通挟私报复。万历十九年六月十一日，申时行上疏自辩：“臣何能私臣家人申炳？……若抚臣李涞之参石昆玉以钱粮，而臣之行勘昆玉正以显明其心迹”。

《明神宗实录》载：“十九年八月戊寅，应天巡抚李涞准回籍。”（值得注意的是，这里既非致仕，又非升转，显是谢事而归）江南史志及其乡人讳忌此事者殊多，书袁可立和石昆玉事者也多不直书李涞名讳。又见同时代的董其昌《容台集·石居士诗选序》：“石居士诗选者，今大中丞楚阳石公作也。古不有开府，诗乎曷称居士？盖海内之知石居士久矣！公始为二千石守长，以强直失当途欢。中丞台（李涞）以乘墉而攻，无弗胜者。竟夺于，清议咋舌，（李涞）自免去。”（董其昌《容台集·石居士诗选序》）

汤显祖《寄石楚阳（石昆玉）苏州》称：“初某公（李涞）以吴宪拜中丞治吴，而明公（石昆玉）亦以吴漕使守吴。南都人皆疑之，弟（石昆玉）稍为不然。或二相（申时行、王锡爵）亦欲得高品抚牧其乡耳，公之品乃今无疑者矣。”

种种迹象显示，首辅申时行已经参与和在幕后导演了这场轰动朝野的李巡抚迫害石知府事件，或是知府石昆玉秉公执法动了申时行宰辅家乡的奶酪，或是殃及了他的亲朋故旧已未可知。

一个当朝首辅和一个应天巡抚联手对付一个小小知府，如果这个知府不是一个十足的清官，那就难免不被这种力度很大的选择性反腐给抓到一点点小把柄，就将陷入万劫不复的十八层地狱。而这不知天高地厚的初生之犊小小推官（相当于苏州市的法院院长，在当时的苏州府内论政治座次应该在前三名左右）袁可立胆敢昭雪此案可谓是在太岁头上动土，不畏强权也算古今一大奇观，这可能才是袁可立成为明清两代五百年间二百位苏州府小推官中唯一被列入苏州府名宦祠与文天祥、况钟、海瑞、于成龙并列入祀的真正原因。

“万历十九年五月（十四日）戊寅，命御史陈唯芝勘应天巡抚李涞所参苏州知府石昆玉擅动吴县库银，事完方许交代。”（《大明神宗显皇帝实录》卷之二百三十六） 也就是说，万里十九年五月，李涞以应天巡抚身份公开向皇帝打报告弹劾立案查处自己下属苏州知府石昆玉在吴县所谓挪用公款一案已经被最高当局下令立案查处了，巡按御史陈唯芝为主办人，皇帝要求限期破案一查到底。

石昆玉被立案一个月后，越查越没有问题，公论已经看不过去，南道御史李用中公开指责首辅申时行和巡抚李涞相互串通蓄意勾陷石昆玉，申时行也赶紧上疏自辩，说查处石昆玉一案有吴县令周应鳌、应天巡抚抚李涞的署名举报材料，我不过是秉公执法而已，并扬言说如果再有人这样胡说八道我这个总理就没法干了，干脆撤我的职算了，最后还是皇帝有大局意识，对首辅申时行在面子安慰一番才算有了台阶下，不过也就是迁延了两三个月时间，申时行和李涞都同时下台。历史记载是首辅申时九月十二日离职，十六日“应天巡抚李涞准回籍。”四天内二人全部离职。

“万历十九年六月甲辰，大学士申时行辩南道李用中之揭，言臣不必辩者二，与臣无干者二。吏科杨文举资序自该掌印，臣何能私臣家人申炳，但给使令何能受贿鬻官。若抚臣李涞之参石昆玉以钱粮，而臣之行勘昆玉正以显明其心迹，吴县令周应鳌、抚院荐草具在，自应拟铨以被论调南，何与臣事？乞求放归，优诏答之。”（《大明神宗显皇帝实录》卷之二百三十七）

关于申阁老，除了上述自辨疏中提到的“臣何能私臣家人申炳”的家人“申炳”外，自己主动提及了，肯定是有些故事的。另见首都师范大学学报张显清《明代土地“投献”简论》一文“苏州吴县吴某是宰相申时行戚属，官鸿胪寺卿，恃势纳献，劣迹昭彰。有富室陆士明，家道中落，家僮魏鳌窃其资及妻子投献于吴某。吴某“遂持内阁牌面，拥数十人，突入陆士明家”，籍其资，征其产，并将其下狱。”不过这些也仅仅是几百年后我们所能看到的一点点蛛丝马迹而已。

李涞在位应天巡抚或许和首辅申时行在苏州的某种利益链关节有染，悍然制造了知府石昆玉冤案，为天下清议所不齿，并为此断送掉了自己的政治前途。

李涞在石昆玉一案上是大节有亏的，他为应天巡抚欺下媚上，制造了轰动朝野的知府石昆玉冤案，为天下清议所不齿，早年弹劾张居正的余声在此为之挥霍败坏殆尽。

石昆玉冤案被推官袁可立昭雪后，李涞自劾去职，也是明代官员的一种优良传统，说明李巡抚也是有自知之明的。历史上苏州是个出过不少清官大吏的地方，明清两代在此为官的督抚侍郎级官员有五十多人都入了苏州府名宦祠为官民春秋致祭。石昆玉、袁可立在苏州府名宦祠中是与文天祥、况钟、海瑞、于成龙、林则徐等齐名的清官大吏，其中唯独找不到李涞名字。概因名宦祠评定入祭之时，不但石昆玉、袁可立和李涞这些人都已经作古，连首辅申时行在苏州的官声余威也早已消散殆尽，所以清浊自现，不能作假就看出来谁在裸泳了。

袁可立（1562—1633年），字礼卿，号节寰，归里后又号闲闲居士。万历十七年（1589年）进士，历仕万历、泰昌、天启、崇祯四帝，官至兵部尚书、太子少保，南都加光禄大夫太子太保。著有《弗过堂集》、《抚登疏稿》等。万历十七年进士及第后，首任苏州府推官。而立之年的袁可立血气方刚，初生之犊不畏虎。苏州自古江南重地，是当朝首辅申时行和王锡爵的故乡，背景不是一般复杂，来此赴任的官员无不是如履薄冰。座师陆树声谙熟江南官场，对袁可立的前途十分担忧。“即座师陆公为公虑之”。后来接下来的几年间，袁可立连审惊天大案，惊心动魄，凶险多变，说明陆树声的担心不是没有道理的。

明末，正是后七子、公安派、竟陵派、东林党、复社人物粉墨登场之时，文风之盛于万历年间抵达顶峰。昆玉、可受师徒二人生逢其时，与公安袁氏兄弟交谊甚笃，袁宏道与石昆玉曾先后在苏州任太守、知县。袁氏兄弟于京城结蒲桃社时，其弟子汪可受亦同人之一。蒲桃结社时，公安派名震天下，昆玉、可受师徒二人其实也可称做公安派代表。昆玉官苏州、绍兴知府时，与当地文士亦相交游。

汤显祖晚年与昆玉交甚笃，《答石楚阳》：“得兄远书，并悼死悲生三作，宛转淋漓，使人潸然。建宇兄家贫落甚，中原门户，亦是兴替相陵。弟前托之章令，求其郎君，郎君竟不相见，如何？弟六十，颜发如许。独丈弘材坚节，尚老江、黄，有心共恻。江夏兄危苦安存，天意良厚，今始交口誉之乎？美成在久，伏念良深。恃爱。聊作局外之语。时方慎夏，有怀不尽。”此信尽抒二老情谊。又《答石楚阳》：“有李百泉先生者，见其《焚书》，畸人也。肯为求其书寄我怡荡否？”可见昆玉与“狂人”李贽也应有交。