果实病原：结合形态和分子生物学鉴定，将石榴果实干腐病（脓包果）病原菌鉴定为石榴垫壳孢菌（Coniella granati），属
半知菌类真菌；该结果与Kwon&Park报道的韩国石榴果实腐烂和Tziros&Tzavella-Klonari报道的希腊石榴果实腐烂为同一病原菌。病原菌分生孢子器球形，壁内层红色，外层橄榄色，大小为（15-144）微米×（62-131）微米；分生孢子纺锤形，无隔、无色，大小为（3.2-4）微米×（10.8-18） 微米；分生孢子梗秆状，束生，（19-25）微来×1.5微米。
枝干病原：结合形态和分子生物学鉴定，将石榴枝干干腐病病原菌鉴定为
葡萄座腔菌（Botryosphaeria dothidea），属子囊菌门真菌。刘会香等报道的引起中国山东石榴枝干的干腐病为Dothiorella属真菌。
石榴果实干腐病在蕾期、
花期、幼果期、成果期和储藏期均可以发病。花期开始侵染危害，受害花的花瓣最初变为褐色，继续扩大到花萼、花托。花萼产生黑褐色椭圆形凹陷小斑，最终使花整个变为褐色。果实发病最初多发生在萼筒内、萼筒下方和果面受伤处。萼筒内壁发病，首先产生大小不规则浅褐色病斑，逐渐扩展为中间深褐，边缘浅褐的凹陷病斑，后穿透萼筒壁，形成褐色病斑；萼筒下方发病，先产生小型不规则浅褐色病斑，后逐渐扩展为凹陷病斑，并深入果内。在虫害、伤口或其他机械创伤的情况下，病菌直接侵染引起发病。潮湿情况下，病斑迅速扩展造成果实变褐腐烂（脓包果），病部产生许多黑褐色小点，即病原菌的分生孢子器。幼果发病后期如遇高温干旱，则病部干缩，后期形成裂果。石榴在花期和幼果期受害后，严重时可造成早期落花落果；果实膨大期至初熟期受害，则较少脱落，最后干缩成僵果悬挂于枝梢上。
主要危害两年生以上枝条的茎刺与分杈处。发病初期，病斑呈浅褐色，圆形或椭圆形，枝条皮层易产生马鞍状病斑，2-5年生枝条上病斑产孢最多；后期病部失水凹陷、干缩硬化，灰褐色或黑褐色；在病菌危害仅在韧皮部时，病健交界处开裂翘起易脱落，当危害深达木质部时，病部组织腐烂，形成不可愈合的病斑，天气潮湿时，病部表面产生许多黑色小粒点，即病原菌的分生孢子器。
石榴果实干腐病菌在花期和幼果期即可侵染，并具有潜伏侵染的特点，但主要发病时期是在成果期。病菌主要以开败的花和花丝作为跳板从萼筒处侵染发病，后扩大蔓延造成果实腐烂。病菌通过风雨传播，以僵果越冬。当年疏果时散落在果园的果实，在直径小至1.75厘米的疏果上分离出大量石榴干腐病菌，并且可以发病产孢，成为当年再侵染源。这些疏果上的病菌为病害的再侵染提供大量菌源。
石榴枝干干腐病主要从两年生以上枝条的茎刺与分杈处，以及伤口处侵染，逐渐进行扩展至韧皮部，危害严重的可深达至木质部，并且在病部表面产生许多黑色小粒点，通过风雨传播，病菌在石榴枝干上越冬。树体衰弱或创伤是该病初侵染的重要条件。