破囊壶菌（Thraustochytrids）于1936年首次被发现，当时分离到的为Thraustochytrium proliferum，被归类为卵菌纲（Oomycetes）、水霉目（Saprolegniales）。但是，破囊壶菌缺乏卵菌典型的鞭毛过渡区和细胞壁组成，超微结构接近于网粘菌。

分子生物学的研究结果认为破囊壶菌更应该属于原生动物 ，现被列在管毛生物界（Stramenopila）、不等毛门（Het．erokonta）、网粘菌纲（L~byrinthulomycetes）、破囊壶菌目（Thraustochytriales）、破囊壶菌科（Thraustochytriaceae）。

破囊壶菌是一类类似于微藻但缺乏叶绿体故而不行光合作用的专性海生真核微生物，共分7属：Althornia、Aplanochytrium、Japonochytrium、Labyrinthuloides、Schizochytrium、Thraustochytrium和Ulkenia J。