碳债务是指由可耕地和森林转变为生产生物燃料而引起的间接排放，比起因生物燃料所得到的利益为负值，所以被形象地称为碳债务。热带雨林覆盖下的泥炭地中，储存着约350亿吨的生物碳；无论是砍伐还是焚烧泥炭地森林，都会造成大量的温室气体排放。

对泥炭地的大规模破坏，“正在引爆气候变化的定时炸弹”。

政府间气候变化专门委员会（IPCC）研究指出，每年毁林所导致的温室气体排放已经占到了总排放量的近五分之一，这甚至超过了全球交通系统的总排放。

森林不仅对于净化、涵养水源起到了至关重要的作用，同时也是全球气候气候最重要的“稳定器”。因为，根据绿色和平的测算，全球森林生态系统储存的碳，大约相当于全球每年燃烧化石燃料和生产水泥所产生的碳排放总量的40多倍；一旦这些碳被释放出来，给全球气候带来的灾难性影响可想而知。

研究指出，生物燃料是一种潜在的低碳能源资源，但其减少的碳排放取决于如何生产。像巴西、东南亚和美国那样，将热带雨林、泥炭地、热带草原或草场转化为生产生物燃料将产生碳债务，因为在此过程中释放的温室气体（Greenhouse gas,GHG）数量较其替代化石燃料所减少的数量多达17-420倍。如果生物燃料产自废弃生物质或可长期种植的废弃农田，则很少或没有碳债务产生，且能迅速并持续起到GHG减排作用。因此，一位美国学者认为，通过改善农田的生产力，用废生物质、城市废物或者废弃农田上生长的生物质生产生物燃料等都是避免改变土地用途的方法。