祁连山国家公园管理局是根据《祁连山国家公园体制试点方案》为保护祁连山生态环境成立的政府机构，于2018年10月29日成立。

2018年10月29日，祁连山国家公园管理局揭牌仪式在甘肃兰州举行，这标志着祁连山国家公园体制试点工作步入新的建设阶段。国家林业和草原局局长张建龙、甘肃省省长唐仁健为祁连山国家公园管理局揭牌。

祁连山是我国西部重要的生态安全屏障，是黄河流域重要水源产流地，是我国生物多样性保护优先区域。祁连山国家公园试点区总面积5.02万平方公里，森林、草原、荒漠、湿地生态系统均有分布。其中,甘肃片区总面积3.44万平方公里，占国家公园总面积的68.5%，涉及肃北、肃南、阿克塞、中农发山丹马场等8县（区、场）和甘肃祁连山、盐池湾等保护地。青海片区总面积1.58万平方公里，占国家公园总面积的31.5%，涉及海北州的门源回族自治县、祁连县以及海西蒙古族藏族自治州的天峻县、德令哈市共4县市17个乡镇60个村，包括青海祁连山省级自然保护区、仙米国家森林公园、黑河源国家湿地公园等保护地。

祁连山国家公园试点工作启动以来，中央有关部门和相关省区密切配合、迅速行动，切实把《祁连山国家公园体制试点方案》建设任务落到实处。区划落界、自然资源本底调查和确权登记、总体规划、管理机构组建等各项工作稳步推进，自然植被保护更加严格，生态修复、生态系统监测全面推进，坚决清理关停违法违规项目，综合执法得到加强，试点工作取得了阶段性成果。

国家林业和草原局将会同有关部门和甘肃、青海两省采取最严格的保护措施，制定最严格的保护制度，推进祁连山国家公园建设。要坚持问题导向，坚持改革思维，以建设祁连山国家公园为抓手，以彻底抓好祁连山生态环境问题整改为契机，妥善解决好历史遗留问题，努力打造生态修复板样区。要尽快完成祁连山国家公园勘界、功能分区划定、立碑、确权登记，加快推进《祁连山国家公园体制试点总体规划》编制和报批，制定祁连山国家公园相关政策、办法、规程等工作,推进试点工作迈上新台阶。要不断完善动态监测网络体系，建立天地空一体化生态环境监测网络，对典型生态系统、核心水源区进行重点监测；强化督查执法，严厉打击偷采、偷挖、盗猎等违法行为，有效保护祁连山生态系统安全。着力科研宣教，搭建学术交流和合作发展平台，建设祁连山国家公园生态文化新高地。要注重协调发展，合理布局游憩体验线路，完善科普宣教设施设备，为公众提供亲近自然、体验自然、了解自然的机会；优先安排原住居民特别是建档立卡贫困人口从事国家公园日常巡护等工作，让当地百姓在参与国家公园建设中受益，实现全民公益性。加强协同合作，形成齐抓共建工作格局。尽快理顺管理体制，科学设置设立管理分局和保护管理站，合理划分祁连山国家公园管理局与当地政府的管理职责，共同推动建立国家主导区域联动生态保护管理、山水林田湖草系统保护综合治理等新机制，高标准高质量完成试点工作各项任务。