祝庆余，男，1950年出生，北京市人。1975年于四川大学生物系微生物学专业本科毕业，1986年军事医学科学院在职研究生毕业。

1988-1991年和1994-1996年两次到美国纽约斯隆-凯特琳癌症研究中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA）做访问学者，进行客座研究。自1975年毕业后一直在军事医学科学院工作。曾任军事医学科学院微生物流行病研究所所长，现任军事医学科学院微生物流行病研究所研究员、博士生导师，病原微生物生物安全国家重点实验室副主任、全军微生物检测研究中心主任。

目前担任中国微生物学会病毒学专业委员会副主任委员，北京微生物学会理事，全军防生物危害专业委员会常委，全军“三防医学救援专家咨询委员会”副主任委员，国家出口管制专家支持体系专家等多项学术兼职。

主要研究方向为医学病毒学，主要从事重要医学病毒检验鉴定方法与试剂研究、病毒疫苗研究和病毒致病机理研究。先后主持完成国家863、973课题、国家科技攻关课题、军队重大指令课题等20余项。国内最早分离出SARS-CoV病毒并确定其为SARS病原体，较早完成SARS-CoV基因组序列测定，国际上首先研制出SARS抗体免疫荧光和ELISA检测试剂；从中国内地首先分离出人禽流感H5N1病毒并进行了序列测定和遗传进化分析，证明国内分离株与从香港、越南等地分离的毒株遗传进化上存在差异。

2003年2月12日，祝庆余和曹务春受命前往广东疫区采样。在第一军医大学、广州军区总医院等单位的积极配合下，他们收集到了6份病原血清和1份尸检病人的肺组织标本。 2月15日，经过紧张的前期准备，参加非典科研攻关的科研人员携带非典标本进入微生物流行病研究所的生物安全三级负压实验室，由祝庆余和另一位专家坐镇指挥的一场没有硝烟的高科技战争打响了。 不久，祝庆余在国内率先分离出非典型肺炎病原体，研究出非典快速诊断技术，并与中国科学院北京基因组研究所合作完成了冠状病毒的全基因序列，取得了抗击非典的阶段性科研成果。 4月20日，胡锦涛总书记视察军事医学科学院微生物流行病研究所时，祝庆余作为科研人员代表，受到胡总书记的亲切接见并汇报科研进展情况。

先后获得国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖2项，军队科技进步二等奖3项，黑龙江省自然科学一等奖1项，北京市科技进步二等奖1项，获国家发明专利1项。发表论文130余篇。