故事发生在美国中部保守的堪萨斯州一个小镇。在某个夏天的一个晚上，两名8岁的男孩布莱恩（
布拉迪·科贝特饰）和尼尔（
约瑟夫·高登-莱维特饰） ，被他们的棒球教练性侵犯了。尼尔长大后，以卖淫为生。他对那位棒球教练还带有种天真，却矛盾的依恋，那次的事件开始了他对性爱的憧憬和探索，而布莱恩却对整个事件的记忆模糊不清，虽然零零碎碎的片断不时重现在他的梦中，他却坚信十年前的那次昏迷和清醒后鼻孔淌著的血液，都是因为遭受外星人绑架而造成的。故事沿著布莱恩展开旅程去寻找线索，尝试去填补他那段遗失的记忆，而发展下去。与此同时，尼尔正慢慢地坠入一个悲哀的境况。正当布莱恩前往寻找尼尔的时候，尼尔却存够了钱，决定到纽约去继续他想过的生活。不料在纽约，他却遇上变态的顾客，被迷奸和毒打。尼尔最终还是回到母亲家中，而布莱恩也再次见到尼尔，并向他探问幼时所发生的事情。最终，布莱恩和尼尔两人相聚于棒球教练的故居，混乱迷失的过去和茫然未知的未来，促使两人相依相怜。
《神秘肌肤》是
格雷格·阿拉基导演职业生涯中最为出色的一部电影，该片是一部带有极强阿拉基个人风格的电影，但得益于剧本改编自的同名小说故事情节紧凑，对阿拉基飘忽不定的视觉风格起到了调和作用。（《
偏锋杂志》评）
该片是一部值得嘉奖的关注儿童性虐题材的电影。观众可以在影片的演员阵容中发现许多值得赞赏之处，虽然
布拉迪·科贝特是一位敏锐而有深度的演员，但
约瑟夫·高登-莱维特在片中所饰演的受到伤害虐待却又令人无限同情的男妓，夺走了观众的全部注意力。此外，该片虽然涉及同性恋问题和角色，但严格来说，其并不是一部同性恋题材的影片，只是因为影片中男性裸露的镜头才被称为同性恋题材。（《Empire》评）