特色为天柱山一大奇观，位于飞来峰下，号称花岗岩洞第一秘府，有“天柱一绝”之称。道家奉此为司元洞府。地理位置十分险要，谷长五、六华里，全谷巨石交错，危洞幽深，谷底54个洞穴形态各异，云集交错，洞连洞，洞套洞，洞中有洞，洞洞相连，移步换景，神秘莫测。洞内有牖，有庭，有门，有石梯，有石栏，九曲回廊，豁然开朗。狭窄处，屈身匍行；宽敞处，数人并陈。谷旁古树虬枝，如铁壁挂画，谷内怪石异草，似丹墀仙境，引人入胜。

神秘谷，在天池峰南，又称司元洞。天柱山最神秘处堪称神秘谷，一是因谷奇，二则自古就有许多神秘传奇故事。

神秘谷石由龙宫、迷宫、逍遥宫等组成，自龙吟虎啸崖入口，穿过五指峰，紧傍飞来峰，环绕衔珠峰，直达渡仙桥，全长400多米，落差100多米。从外面上看神秘谷，一谷乱石堆而已，而近百石洞全在迭石巧堆之中，游客再多，只闻其声，难见其人。谷内洞上有洞，洞里有洞；有的相连，有的间隔；疑无路时便是路，看是道处却迷途；洞宽处容人无数，河底卵石清晰可见；洞低处人必须葡行，一人挡道全洞漆黑；洞大时数人并步，可坐石小憩；壁陡处上下相连，手足并用；阴森处凉气袭人，七弯八拐忐忑不安；明亮时泉水叮咚，松吟鸟鸣。道家视此地为洞天福地，道书称之为第十四洞天。旧志称此洞“空邃可容万余武，下有水晶岩，直通沧海。后呼为总官洞。”

1.“国道”五号：由“国道”一号(中山高)至汐止系统交流道转走“国道”五号(北宜高速公路)，过雪山隧道由苏澳交流道下往台9号方向行驶，转台8线，至长春隧道内右转，过神秘谷大桥即可到达神秘谷步道入口。

2.“国道”五号：由“国道”三号(二高)至南港系统交流道转走“国道”五号(北宜高速公路)，过雪山隧道，由苏澳交流道下往台9号方向行驶，转台8线，至长春隧道内右转，过神秘谷大桥即可到达神秘谷步道入口。