2010年5月18日，国务院正式批准设立福州保税港区 。据悉，福州保税港区享受保税区 、出口加工区相关的税收和外汇管理政策，是国内开放层次最高、优惠政策最多、运行规则基本与国际接轨的一种新的自由贸易港区模式。
福州保税港位于
福清的福州新港(江阴港区)，总面积9.2平方公里，由
福州保税物流园区 、铁路物流园区、
福清出口加工区及福州新港1#至9#码头等四个区域整合，是在港口作业区和与之相连的特定区域内，集
港口作业、物流和加工为一体，具有口岸功能的
海关特殊监管区域。
据了解，福州保税港区具备港口作业、国际中转、国际配送、国际采购、转口贸易、出口加工、商品展示七大功能。在便捷通关 方面，将允许来自台湾 的货物或台资企业经营的其他货物经保税港区运往大陆其他地区时，实行“分批出货、定期集中报关”；对台湾地区与保税港区之间往来货物，进入保税港区后，实施“一次申报、一次查验、一次放行”的通关模式。 今年5月5日，在福建省赴台投资企业授牌暨闽台合作项目签约仪式上，福州保税港区与台湾基隆自由贸易港区签订《两区对接协议》，两区对接旨在率先开展涉及两岸现代物流各个领域的广泛合作，力争开两岸自由贸易港区对接先河。
保税区是海关实施封闭管理的经济区域，其功能为“保税仓储、出口加工、转口贸易”。境外货物进入保税区，实行保税管理(不办理纳税手续进境，在保税区内储存、加工或转口贸易复运出境)；境内货物进入保税区，视同出境。
保税物流园区实行保税区及出口加工区叠加政策：即国内货物进入园区视同出口，办理报关手续，实行退税；园区货物内销按货物进口征税；区内货物自由流通，免征增值税和消费税。