《福州大学学报（自然科学版）》创刊于1961年11月，是由福州大学主管、主办的自然科学类综合性学术期刊。

1961年11月，《福州大学学报》创刊，不定期出版。

1966年，停刊。

1978年，《福州大学学报》复刊，不定期出版。

1982年，公开出版发行，刊期为季刊。

1985年，更名为《福州大学学报（自然科学版）》。

1990年，使用计算机进行学报编排。

1993年，刊期由季刊改为双月刊。

2000年，实现对学报中插图的计算机编辑、加工、处理。

2001年，创刊40周年，出版了《福州大学学报（自然科学版）·世纪光盘》。

2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《福州大学学报（自然科学版）》主要刊载福州大学教师和研究生在基础科学、工程技术科学和应用科学等领域的研究成果，也适量刊登福州大学校外学者的科技论文。

《福州大学学报（自然科学版）》主要有简讯、综述、研究简报、研究论文等栏目。

据2020年3月《福州大学学报（自然科学版）》官网显示，《福州大学学报（自然科学版）》第十届编委会有编委36人，编辑部有编辑4人、编务1人。

据2020年3月23日中国知网显示，《福州大学学报（自然科学版）》共出版文献6312篇。

据2020年3月23日万方数据知识服务平台显示，《福州大学学报（自然科学版）》共载文4012篇、基金论文量为2819篇。

据2020年3月《福州大学学报（自然科学版）》官网显示，该刊在中国大陆地区有3638个机构用户，在中国港澳台地区有29个机构用户，在中国国外有44个机构用户，总的机构用户达3711个，分布于8个国家和地区，个人读者分布在17个国家和地区。

《福州大学学报（自然科学版）》是北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2004年版，2008年版，2011年版，2014年版，2017年版）、中国学术期刊评价研究报告统计源期刊，被JST日本科学技术振兴机构数据库（日）（2018）、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、CA化学文摘（美）（2014）、Pж（AJ） 文摘杂志（俄）（2014）、《数学评论》（美）、《剑桥科学文摘：材料信息》（美）、《学术文摘》（德）、中国数学文摘、中国物理文摘、中国力学文摘、中国无线电电子学文摘、中国化学化工文摘、中国生物学文摘、电子科技文摘、中国科学引文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊全文数据库等收录。

据2020年3月23日中国知网显示，《福州大学学报（自然科学版）》总被下载792049次、总被引30812次，（2019版）复合影响因子为0.482、（2019版）综合影响因子为0.266。

据2020年3月23日万方数据知识服务平台显示，《福州大学学报（自然科学版）》被引量为23326次、下载量为114329次；据2017年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《福州大学学报（自然科学版）》影响因子为0.4，在全部统计源期刊（6670种）中排第4099名。

1989年，获得全国高校学报优秀编辑质量三等奖。

1995年，获得福建省高校优秀自然科学学报一等奖；同年，获得全国高校优秀自然科学学报二等奖。

1999年，获得福建省高校优秀自然科学学报一等奖；同年，获得全国高校优秀自然科学学报一等奖。

2004年，获得中国高校优秀科技期刊一等奖。

2005年，被评为中国高校科技期刊先进集体。

2006年，被评为中国高校优秀科技期刊；同年，被评为福建省高校精品学报。

2008年，被评为中国高校优秀科技期刊；同年，被评为中国高校科技期刊先进集体。

2010年，被评为中国高校优秀科技期刊。

2011年，被评为中国高校科技期刊优秀团队。

2012年，被评为中国高校优秀科技期刊。

《福州大学学报（自然科学版）》的办刊宗旨是促进科学技术发展。

1、文稿必须有创新性、学术性、科学性和准确性，并为首发稿，且未一稿多投。其主要内容未以学位论文、会议论文等形式上传互联网或被相关数据库收录。

2、论文要求主题鲜明、数据可靠、逻辑严密、文字精炼、结论正确。应包括中英文的题名、作者姓名、作者单位、摘要和关键词，中图分类号，正文，参考文献。并在文稿首页地脚处写明通讯作者简介（出生年、职称、研究方向、Email等）、基金资助名称及项目编号等。

3、论文篇幅（含图表）一般在8000字以内，在学报上刊出时一般不超过6页。

4、论文摘要以精炼报道研究结果为主，字数以200字左右为宜，中英文摘要应文意一致。

5、关键词选词要规范，一般选用3～8个。中英文关键词应一一对应。