福州市医疗保障局是福州市人民政府工作部门。
主要职责
（一）贯彻执行国家和省有关医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度的法律法规和政策，研究起草我市医疗保障相关地方性法规、政府规章、政策规定、规划和标准并组织实施。
（二）组织制定并实施全市医疗保障基金监督管理办法，建立健全医疗保障基金安全防控机制，负责医疗保障基金管理工作，监督全市医疗保障基金收支、管理和运营。监督管理纳入医保范围内的医疗服务行为、医疗费用，依法查处医疗保障领域违法违规行为。
（三）组织制定并实施全市医疗保障筹资和待遇政策；统筹城乡医疗保障待遇标准，建立健全与医保基金水平相适应的待遇调整机制；开展基金绩效评价，推进医疗保障基金支付方式改革，组织拟订并实施长期护理保险制度改革方案。
（四）组织实施全市城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录并制定相应的医保支付标准。
（五）组织制定并实施全市医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策。推动建立市场主导的社会医药服务价格形成机制，建立医药服务价格信息监测和信息发布制度。
（六）组织实施、指导监督全市药品、医用耗材的联合采购、配送、结算管理。
（七）制定并组织实施医疗保障定点医药机构协议和支付管理办法，指导医疗保障定点医药机构管理；建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度。
（八）负责医疗保障经办管理、公共服务体系和信息化建设；组织制定并落实异地就医管理和费用结算政策，负责执行全国医保异地就医即时结算政策和费用审核、结算工作；建立健全医疗保障关系转移接续制度。
（九）牵头制定城乡居民医保扶贫政策并组织实施。
（十）承担全市基本医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障管理各项工作。
（十一）完成市委和市政府交办的其他任务。
（十二）职能转变。市医疗保障局应推进医疗、医保、医药“三医联动”改革，完善医疗保障制度，建立健全覆盖全民、城乡统筹的多层次医疗保障体系，不断提高医疗保障水平，确保医保资金合理使用、安全可控，更好保障人民群众就医需求，减轻医药费用负担。
（十三）与市卫生健康委员会的职责分工。市卫生健康委员会、市医疗保障局应在医疗、医保、医药等方面加强制度、政策衔接，建立沟通协商机制，协同推进改革，提高医疗资源使用效率和医疗保障水平。
内设机构
办公室、基金管理和待遇保障处（政策法规处）、医疗服务价格和药械采购监管处、稽查稽核处、机关党委。
市医疗保障局设立福州市鼓楼、台江、仓山、晋安、马尾、长乐、福清、闽侯、连江、闽清、罗源和永泰医疗保障局，为市医疗保障局的派出机构。
直属单位
福州市医疗保障基金中心、福州市医疗保障数据监测中心（福州市医疗保障服务行为监测中心）
现任领导
福州市医疗保障局局长：叶玲
福州市医疗保障局副局长：陈政爱、郑毅、吴卫超