福建农林大学农学院是福建农林大学办学历史最悠久的学院之一，由创建于1936年的福建协和大学农科农学系和创建于1940年的福省立农学院农艺系演进而来。1952年6月全国高校院系调整，厦门大学农学院与福州大学农学院两强合并成立福建农学院，设农艺系，我国甘蔗事业先驱周可涌教授担任农艺系主任，同年设置农学专业，农艺系更名农学系。1996年6月在原农学系的基础上组建作物科学学院，2019年9月更名为农学院。

1936年，福建协和大学农科在福州魁岐创办

1937年，福建协和大学农科分设农学系

1940年，福建协和大学农科更名为农学院，原农学系分设农艺学系

1940年，福建省立农学院在永安黄历创办，设立农艺学系

1949年，福建省立农学院更名为福建农学院

1951年，福建协和大学与华南女子文理学院合并组建福州大学，设立福州大学农学院

1951年，福建农学院并入厦门大学，改称厦门大学农学院

1952年，厦门大学农学院与福州大学农学院合并成立福建农学院，设立农学系（前称农艺系），首批设置农学专业

1962年，作物遗传育种、作物栽培2个专业开始招收研究生，卢浩然、周可涌分别担任指导教师

1963年，农业生物物理专业并入农学专业

1972年，福建农学院与福建林学院合并成立福建农林大学

1975年，福建农林大学分设福建农学院和福建林学院

1981年，作物栽培学与耕作学、作物遗传育种2个学科获首批硕士学位授予权

1984年，作物栽培学与耕作学获得博士学位授予权

1984年，作物栽培学与耕作学、作物遗传育种2个学科被确定为首批省重点学科

1985年，农学专业首次招收本科师范类学生

1986年，作物遗传育种学科获得博士学位授予权

1994年，福建农学院更名为福建农业大学

1995年，学校首批获准设立农学学科博士后科研流动站

1996年，农学系增设农业推广专业

1996年，获准在农学系、甘蔗所、遗传所基础上组建作物科学学院

1998年，作物学获准成为一级学科博士学位授权点

1999年，农业推广专业调整设置为农村区域发展专业

1999年，农学学科博士后科研流动站被确认和审定为作物学博士后科研流动站

1999年，作物遗传育种被评选为农业部重点学科

2000年，福建农业大学与福建林学院合并组建福建农林大学

2003年，学校首次获得博士点自主设置权，作物学一级学科获准自主设置二级学科博士点

2005年，设置种子科学与工程二级学科硕士点

2006年，设置种子科学与工程二级学科博士点

2007年，作物遗传育种被批准为国家重点（培育）学科

2010年，农学专业成为国家级特色专业

2010年，设置种子科学与工程专业

2012年，农学专业获国家级高等学校专业综合改革试点建设立项

2013年，农村区域发展专业划归到新组建的经济学院

2014年，设置植物科学与技术专业

2014年，国家甘蔗工程技术研究中心获批成为国家级科技创新平台

2014年，农学专业获首批全国卓越农林人才培养计划拔尖创新型立项

2015年，作物学实验教学示范中心获福建省省级立项

2018年，设立严家显班(农学)

2019年，作物科学学院更名为农学院

2019年，农学专业获批国家级一流专业建设点

2020年，植物科学与技术专业获批福建省一流专业建设点

2023年，设立智慧农业(智慧农学)特色培养班。

全国首批获得硕士学位授予权和福建省首批获得博士学位授予权单位。农学院现设有“智慧农业（农学）”、“农学”、“种子科学与工程”和“植物科学与技术”4个本科专业。

有教学科研人员139人（含甘蔗中心、基因组与生物技术中心、植物免疫中心、植物发育中心），其中包括：中国科学院院士1人；教授、研究员35人，博士生导师28人，副高职称32人；具有博士学位87人，硕博士占95%；国家杰出青年科学基金获得者1人，“长江学者”1人，国家优秀青年科学基金获得者2人，国家百千万人才工程一、二层次人选2人，中科院“百人计划”专家1人、国家级有突出贡献的专家1人，教育部新世纪优秀人才支持计划2人，有3人享受国务院特殊津贴；福建省“百人计划”人选3人、福建省“双百人才”2人、“闽江学者”特聘教授6人、讲座教授8人。

学院拥有校内智慧农场、智慧作物工厂、智慧作物工厂虚拟仿真教学中心；2个国家级和1个省级校外实习基地

拥有7个研究所，1个国家工程技术研究中心，1个教育部重点实验室，2个农业部重点实验室，其他8个部省级重点实验室，13个省部级研究中心、创新平台和实验站。仪器设备总值超过4000万元。学科拥有具有国际视野的基因组与生物技术中心、植物免疫中心、植物发育中心等科研平台，设有国际先进水平的分子生物学、基因组学、生物信息学分析、细胞生物学，植物遗传转化以及植物生长人工气候室等平台。

近五年获国家级科研项目66项，部省级项目175项，其中6项200万以上的国家级重点项目。本学院先后获得了国家科技进步一等奖、国家科技发明奖等科研奖励。科研成果以第一作者单位发表在Nature, Nature Genetics, PNAS, Nature Communications, Plant Cell, Current Biology等国际著名期刊上。

历任党委书记（总支书记）

历任院长（系主任）