福建师范大学音乐学院已发展成为国内实力较强的高师音乐学院。全院现有教职员工103人，其中教授13人、副教授24人。音乐学重点学科带头人、福建省政协副主席、国家级有突出贡献的中青年专家、著名民族音乐学家、博士生导师
王耀华教授为国务院学位委员会艺术学科组召集人、国家级教学名师。音乐学院拥有全国高师院校最早的音乐学博士点，“国家体育与艺术师资培养基地”，音乐学学科为福建省重点学科。
福建师范大学音乐学院的历史可以追溯到1938年的华南女子文理学院。1952年
福建师范学院正式创建音乐专修科。1958年福建师范学院系所调整后，一度并入艺术系。1985年1月音乐系成立，1993年12月，经福建省教委批准以美术、音乐两系为基础成立艺术学院。2003年12月在音乐系的基础上组建音乐学院。
音乐学院现已形成涵盖音乐学博士点、一个一级学科硕士学位授权点、三个二级学科硕士点、一个艺术硕士（MFA）专业学位点，音乐学本科（国家基地班）、音乐学本科（师范类）、音乐表演本科，舞蹈学本科（师范类和非师类）等多层次办学体系。中国传统音乐理论、音乐史学、闽台音乐研究、
音乐教育学研究是音乐学院的特色，其部分成果居于国内领先地位，在国际上也有一定声誉。
音乐学院多次举办国际学术会议，经常与日本、美国、英国、菲律宾、等国家的音乐界同行进行学术交流。同时学院与日本冲绳艺术大学等校建立姊妹学校关系，与加拿大多伦多音乐学院签定合作办学意向书。音乐学院全体教职员工正全力以赴，为把音乐学院建设成为具有一定国际影响的新型音乐学院而奋斗。
音乐学院教学科研成果显著。《
福建传统音乐》获得中国高校
人文社会科学优秀成果一等奖。《高师音乐教学综合改革》和《“民族音乐学及其教育”硕士研究生主干专业课程教材建设》先后获得国家级优秀教学成果二等奖。教师出版专著教材100多部，论文1000多篇。音乐学博士生李玫博士学位论文被评为2002年“全国百篇优秀博士论文”。音乐学本科毕业生孙砾在2002年中央电视台举办的第十届“全国青年歌手电视大奖赛”中获业余组美声唱法金奖。学院选送的音乐舞蹈节目在1999年全国大学生艺术节中获11个奖项。在2005年“全国首届大学生艺术展演”中，音乐学院获得专业组二项一等奖。
在
教育部学位与研究生教育发展中心公布的2018全国高校学科排行榜中，福建师范大学音乐学院音乐与舞蹈学一级学科博士点名列全国第一位。
学科研究的主要特色方向：中国传统音乐研究（强调地域特色）、西方音乐研究（强调中国特色）、音乐教育研究（强调师范特色）、舞蹈艺术研究（强调闽台特色），其部分成果居于国内领先地位，在国际上也有一定声誉。音乐学院教学科研成果显著，共计获得100多项国家级、部省级奖项。
较为突出的有：《
福建传统音乐》获中国高校
人文社会科学优秀成果一等奖；《琉球御座乐与中国音乐》、《断裂与失衡——中西视野下的西方20世纪“新音乐”创新的局限性分析》、《
中国传统音乐结构学》先后获中国高校人文社会科学优秀成果二等奖；《高师音乐教学综合改革》、《“民族音乐学及其教育”硕士研究生主干专业课程教材建设》和《中国传统音乐理论专业博士、硕士研究生教材建设》先后获得国家级优秀教学成果奖二等奖；《中华民族音乐文化的国际传播与推广》获教育部2011年
哲学社会科学研究重大课题攻关项目；《
世界民族音乐》获国家级精品课程；《
中国传统音乐概论》、《欧洲音乐文化史论稿——中国人视野中的欧洲音乐》、《反思·求索——关于西方20世纪“新音乐”若干问题的思考》、《中国民族音乐》等九项论著，分别获第一、二、四、五、六、七、八、九届福建省社会科学优秀成果奖一等奖；民乐三重奏《节日榕城》获福建省第五届文艺百花奖一等奖；音乐学博士生李玫博士、郭小利博士学位论文分别被评为2002年、2011年“全国百篇优秀博士论文”；在2005年、2009年的“全国大学生艺术展演”中，音乐学院先后获得专业组一等奖共3项；2006年音乐学院合唱团参加“第四届世界合唱节”获得金奖银牌；2008年音乐学院合唱团在中国音协主办的“放歌海西——中国福州首届海峡两岸合唱节”中获得金茉莉奖；2010年音乐学院合唱团在第十四届CCTV全国青年歌手电视大奖赛中分别获得团体赛和合唱单项比赛优秀奖；在2012年“全国第三届大学生艺术展演”中，音乐学院获得专业组一等奖1项。